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作者:nnjk 发表于 2022-3-4 17:52:13
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虚拟筛选(Virtual screening),指借助软件,从大量化合物中筛选出有潜力的,与受体结合的化合物;
可以做虚拟筛选的软件包括Autodock, Autodock vina, MOE, 薛定谔等;
MOE和薛定谔都是商用软件,所以发文章的话常用Autodock vina;
之前我也推送过关于用Autodock vina做批量筛选的方法,是基于Linux系统的,因为要批量下载和拆分小分子,以及批量对接,如果你会Windows的批量处理方法,当然Windows也可以完成;
总之,遇到批量问题,常常难倒小可爱们;
最近认识到一款对小白极度友好的虚拟筛选工具——SailVina
这位开发者把流程写得非常详细了,大家直接进到他的官网查阅流程即可;
本想唠叨几句注意事项,然后发现这位开发者流程写得超级详细,需要注意的地方也强调到了;
如果你会用Autodock vina做单个小分子蛋白的对接,那么这款软件你将很快上手完成;
美中不足的是,这款软件无法解决小分子拆分问题,我们知道,从ZINC数据库中下载的一堆小分子都写在一个文本文件里,需要拆分开,解决方法如下:
(1)从ZINC中下载小分子库的url:
(2)用wget-win软件,根据上步的url下载小分子smi文件:
wget-win官网(https://eternallybored.org/misc/wget/),解压即可用;
将上面下载的wget文件(ZINC-downloader-2D-smi.url)放在wgetwin软件的文件夹中;
打开cmd命令提示符,cd进入到wgetwin文件夹中;
输入命令:
wget.exe -i ZINC-downloader-2D-smi.url

(3)smi文件拆分:
openbabel软件有windows版本,windows版本就有输入smi文件,拆分成单个mol2的功能(勾选”output multiple conformers separately“即可):
拆分后转成mol2的小分子就可以用SailVina完成虚拟筛选喽~
anyway,祝大家虚拟筛选成功!

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