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极客学术-科研知识第一站»论坛 › 【计算模拟】› 分子模拟

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分子模拟

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新窗

招聘版主，希望大神积极参加！

极客学术

2018-12-17

附件置顶

为了更好促进求职招聘版的发展，招聘各版版主，有意者请积极参加，随时联系我。基本要求： 1.及时回复版内新人咨询，有相对丰富的求职经验（kanke），热心助人； 2.删除广告贴、重复贴，置顶推荐好的求职经验分享帖 ...查看全文

6022 1 0 0 版主招聘，申请及离职
发帖奖励标准

极客学术

2018-12-19

置顶

帖子评分奖励和惩罚标准该标准适用于论坛各个版块（各区的区务版块不包括在内），个别区由于特殊原因会有所不同，在贴后会有说明。该标准只规定了奖罚的上下限，希望各位版主公平公正的评分。奖励标准中所提及的精 ...查看全文

5468 0 0 0 版主招聘，申请及离职
极客学术积分规则

极客学术

2018-12-18

置顶

论坛总积分计算方程式：发帖数 * 0.5 + 威望 + 贡献 + 精华帖数 + 在线时间(小时) *.03 + 好友数 1.每天登录将获得2点极客币和5积分的增长。 2.参与论坛投票获得极客币1点同时总积分加1（此项每天只能获得10点） ...查看全文

5247 0 0 0 版主招聘，申请及离职
计算机辅助药物设计的基本原理

团子良

2023-2-23

新窗

计算机辅助药物设计的基本方法 21世纪新药研究的热点将集中于先导化合物的发掘与设计，其中使用计算机辅助设计是先导化合物设计的重要方法之一。计算机辅助药物设计是应用量子力学、分子动力学、构效关系等基础理论 ...查看全文

166 0 0 0 分子模拟 [资源]
文献解读｜比较基因组学在微生物领域的应用

团子良

2023-2-23

新窗

Hello，大家好，今天给大家介绍基因组测序中的比较基因组学的应用范围，干货满满哦！1.寻找基因/基因簇的来源与进化历程，发现基因的功能适应性以及新的基因簇的结构组成。2.寻找与表型相关的基因或突变位点，例如 ...查看全文

150 0 0 0 分子模拟 [资源]
比较基因组学揭示了吃竹子的大熊猫和小熊猫之间的趋同...

团子良

2023-2-23

新窗

趋同进化（Convergent Evolution）是指独立起源的物种在进化过程中，由于适应相似的环境压力而表现出的表型、行为甚至分子水平上的相似性。人们普遍认为，表型收敛（Phenotypic Convergence）是趋同进化的结果。 ...查看全文

153 0 0 0 分子模拟 [热点前沿问题讨论]
GENES|比较基因组学——马里亚纳狮子鱼的嗅觉

团子良

2023-2-23

新窗

深海作为地球表面最后未被人类大规模进入或认知的空间，约占地球表面积的65%。海斗深渊（6000 -11 000m）是地球上最不为人知的生态系统，具有高压、温差巨大、终年无光、食物匮乏等特殊极端条件，是常规生命形式的 ...查看全文

160 0 0 0 分子模拟 [资源]
CCR|比较基因组学前列腺癌预后分析

团子良

2023-2-23

新窗

环式电子传递（cyclic electron flow/transport, CEF/CET）是光合作用中重要的调节过程，有助于保持光合生物生长代谢所需的ATP/NADPH比例，避免光系统I（photosystem I, PSI）损伤，并通过酸化类囊体腔侧引发光保护 ...查看全文

152 0 0 0 分子模拟 [其它]
Mol Plant | 综述：光合作用中环式电子传递的结构基础

团子良

2023-2-23

新窗

环式电子传递（cyclic electron flow/transport, CEF/CET）是光合作用中重要的调节过程，有助于保持光合生物生长代谢所需的ATP/NADPH比例，避免光系统I（photosystem I, PSI）损伤，并通过酸化类囊体腔侧引发光保护 ...查看全文

156 0 0 0 分子模拟 [资源]
点阵图 | 比较基因组分析之基石 - 手把手入门教程

团子良

2023-2-23

新窗

写在前面前述，我们通过《安装 | 比较基因组系列之一 - WGDI 软件安装与配置》一文，带大伙安装和配置了我们 WGDI 软件。接下来，我们直切主题，从实例数据开始，手把手带大家进行比较基因组分析，并做具体结果解读 ...查看全文

169 0 0 0 分子模拟 [热点前沿问题讨论]
比较基因组学研究揭示温泉蛇的高海拔适应性

团子良

2023-2-23

新窗

小编属蛇，特别怕蛇，看动物世界，去动物园，有蛇的镜头和画面还想眯着眼看看，怀着这种纠结的心情小编解读了2018年8月1日，国际学术期刊PNAS（《美国科学院院刊》）在线发表中国科学院成都生物研究所李家堂和昆明动 ...查看全文

147 0 0 0 分子模拟 [热点前沿问题讨论]
比较基因组学研究

团子良

2023-2-23

新窗

随着基因组测序爆炸性增长，比较基因组学已逐渐成为每个物种尤其是首次被破译基因组的物种的必备研究内容之一。那么什么是比较基因组学呢？比较基因组学是通过对系统发育中的代表性物种之间的基因和基因家族的比较分 ...查看全文

152 0 0 0 分子模拟 [CPMD/CP2K]
分子模拟（下）—— 分子动力学

团子良

2023-2-1

新窗

01分子动力学分子动力学是利用牛顿经典力学来模拟分子体系的运动的方法。在由分子体系不同状态构成的系综中抽取样本，从而计算体系的构型积分，并以此为基础计算体系的热力学量和其他宏观性质，研究体系性质随时间 ...查看全文

211 0 0 0 分子模拟 [其它]
分子模拟（上）——量子力学与分子力学

团子良

2023-2-1

新窗

在前三期内容中，我们提到药物设计的对象是有机小分子和生物大分子。这些分子都是由遵循量子力学原理的原子和电子等微观粒子构成的。考虑到量子力学通常从电子层面解决问题，且能处理的体系较小，人们将宏观体系的牛 ...查看全文

176 0 0 0 分子模拟 [其它]
GROMACS分子动力学的MM/PBSA结合自由能计算教程

团子良

2022-12-27

图片新窗

GROMACS不像Amber那样自带MM/PBSA.py结合自由能计算程序【1】。2014年，Kumari等人发布第一个用于GROMACS分子动力学轨迹的MM/PBSA计算程序g_mmpbsa【2】。但该程序安装麻烦，对GROMACS版本有特定要求（非常古老的4.5 ...查看全文

175 0 0 0 分子模拟 [资源]
跟我学药物设计 | 分子模拟（上）——量子力学与分子力学

团子良

2022-12-27

新窗

在前三期内容中，我们提到药物设计的对象是有机小分子和生物大分子。这些分子都是由遵循量子力学原理的原子和电子等微观粒子构成的。考虑到量子力学通常从电子层面解决问题，且能处理的体系较小，人们将宏观体系的 ...查看全文

134 0 0 0 分子模拟 [其它]
跟我学药物设计 | 分子模拟（下）—— 分子动力学

团子良

2022-12-27

新窗

01 分子动力学分子动力学是利用牛顿经典力学来模拟分子体系的运动的方法。在由分子体系不同状态构成的系综中抽取样本，从而计算体系的构型积分，并以此为基础计算体系的热力学量和其他宏观性质，研究体系性质随时间 ...查看全文

152 1 0 0 分子模拟 [其它]
学长突然问我用过Symbol吗，我哽咽住了（准备挨骂）

团子良

2022-12-6

新窗

这天在实验室和学长一起写学校的项目，学长突然问我一句：“你用过Symbol吗？” 然而我的大脑却遍历不出这个关键性名词，啊，又要补漏了Symbol对于一些前端小白（比如我）来讲，没有特别使用过，只是在学习JS的时候 ...查看全文

223 0 0 0 分子模拟 [资源]
分子生物学基础概念

团子良

2022-9-13

新窗

基因表达（gene expression）是指基因携带的的遗传信息转变为可辨别的表型的过程，即从DNA转录成信使RNA指导蛋白质翻译，蛋白质被修饰、加工，转运到细胞内相应位置发挥作用，直至蛋白质降解的全过程，对这个过程的 ...查看全文

307 0 0 0 分子模拟 [资源]
学习分享||分子模拟相关

团子良

2022-8-24

新窗

分子模拟分子模拟概念：泛指用于模拟分子或分子体系性质的方法，定位于表述和处理基于三维结构的分子结构和性质。往往涉及量子力学、分子力学、理论化学、计算化学、计算机化学和分子模拟等多方面的知识。 ...查看全文

321 0 0 0 分子模拟 [资源]
Materials Studio分子模拟软件——能量最优化

团子良

2022-8-24

图片新窗

本期小编将为大家介绍如何使得煤的化学结构模型整体能量最小。 1. 以甲烷分子为例，绘制一个甲烷分子（灰色为C原子，白色为H原子）。通过上期的介绍大家可以自行查询绘制好的分子的基本信息。2. 在菜单栏中选择Forci ...查看全文

344 0 0 0 分子模拟 [资源]
拉伸加载下PBX炸药力学性能的分子动力学模拟

团子良

2022-8-18

图片新窗

采用分子动力学方法研究了拉伸加载下HMX基PBX界面力学行为的应变率依赖性。模拟结果显示，PBX的拉伸强度和弹性模量随着应变率的增加而增大。HMX-F2311的断裂方式与应变率相关：初始应变主要集中于黏结剂F2311 ...查看全文

319 0 0 0 分子模拟 [其它]
分子模拟在高分子领域的应用

团子良

2022-8-18

图片新窗

分子模拟是对真实分子系统的计算机模拟，许多通过实验很难得到或无法得到的数据，通过模拟却可以轻松地获得，因为计算机可以清晰地展示分子的微观结构和计算材料力学性能等。它既不是实验方法也不是理论方法，它是 ...查看全文

303 0 0 0 分子模拟 [LAMMPS/DL_POLY]

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