极客学术 - 科研知识第一站

招聘版主，希望大神积极参加！

极客学术

2018-12-17

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为了更好促进求职招聘版的发展，招聘各版版主，有意者请积极参加，随时联系我。基本要求： 1.及时回复版内新人咨询，有相对丰富的求职经验（kanke），热心助人； 2.删除广告贴、重复贴，置顶推荐好的求职经验分享帖 ...查看全文

5711 1 0 0 版主招聘，申请及离职

发帖奖励标准

极客学术

2018-12-19

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帖子评分奖励和惩罚标准该标准适用于论坛各个版块（各区的区务版块不包括在内），个别区由于特殊原因会有所不同，在贴后会有说明。该标准只规定了奖罚的上下限，希望各位版主公平公正的评分。奖励标准中所提及的精 ...查看全文

5181 0 0 0 版主招聘，申请及离职

极客学术积分规则

极客学术

2018-12-18

置顶

论坛总积分计算方程式：发帖数 * 0.5 + 威望 + 贡献 + 精华帖数 + 在线时间(小时) *.03 + 好友数 1.每天登录将获得2点极客币和5积分的增长。 2.参与论坛投票获得极客币1点同时总积分加1（此项每天只能获得10点） ...查看全文

4945 0 0 0 版主招聘，申请及离职

GROMACS分子动力学的MM/PBSA结合自由能计算教程

团子良

2022-12-27

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GROMACS不像Amber那样自带MM/PBSA.py结合自由能计算程序【1】。2014年，Kumari等人发布第一个用于GROMACS分子动力学轨迹的MM/PBSA计算程序g_mmpbsa【2】。但该程序安装麻烦，对GROMACS版本有特定要求（非常古老的4.5 ...查看全文

33 0 0 0 分子模拟 [资源]

跟我学药物设计 | 分子模拟（上）——量子力学与分子力学

团子良

2022-12-27

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在前三期内容中，我们提到药物设计的对象是有机小分子和生物大分子。这些分子都是由遵循量子力学原理的原子和电子等微观粒子构成的。考虑到量子力学通常从电子层面解决问题，且能处理的体系较小，人们将宏观体系的 ...查看全文

23 0 0 0 分子模拟 [其它]

跟我学药物设计 | 分子模拟（下）—— 分子动力学

团子良

2022-12-27

新窗

01 分子动力学分子动力学是利用牛顿经典力学来模拟分子体系的运动的方法。在由分子体系不同状态构成的系综中抽取样本，从而计算体系的构型积分，并以此为基础计算体系的热力学量和其他宏观性质，研究体系性质随时间 ...查看全文

23 1 0 0 分子模拟 [其它]

学长突然问我用过Symbol吗，我哽咽住了（准备挨骂）

团子良

2022-12-6

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这天在实验室和学长一起写学校的项目，学长突然问我一句：“你用过Symbol吗？” 然而我的大脑却遍历不出这个关键性名词，啊，又要补漏了Symbol对于一些前端小白（比如我）来讲，没有特别使用过，只是在学习JS的时候 ...查看全文

88 0 0 0 分子模拟 [资源]

分子生物学基础概念

团子良

2022-9-13

新窗

基因表达（gene expression）是指基因携带的的遗传信息转变为可辨别的表型的过程，即从DNA转录成信使RNA指导蛋白质翻译，蛋白质被修饰、加工，转运到细胞内相应位置发挥作用，直至蛋白质降解的全过程，对这个过程的 ...查看全文

187 0 0 0 分子模拟 [资源]

学习分享||分子模拟相关

团子良

2022-8-24

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分子模拟分子模拟概念：泛指用于模拟分子或分子体系性质的方法，定位于表述和处理基于三维结构的分子结构和性质。往往涉及量子力学、分子力学、理论化学、计算化学、计算机化学和分子模拟等多方面的知识。 ...查看全文

191 0 0 0 分子模拟 [资源]

Materials Studio分子模拟软件——能量最优化

团子良

2022-8-24

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本期小编将为大家介绍如何使得煤的化学结构模型整体能量最小。 1. 以甲烷分子为例，绘制一个甲烷分子（灰色为C原子，白色为H原子）。通过上期的介绍大家可以自行查询绘制好的分子的基本信息。2. 在菜单栏中选择Forci ...查看全文

212 0 0 0 分子模拟 [资源]

拉伸加载下PBX炸药力学性能的分子动力学模拟

团子良

2022-8-18

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采用分子动力学方法研究了拉伸加载下HMX基PBX界面力学行为的应变率依赖性。模拟结果显示，PBX的拉伸强度和弹性模量随着应变率的增加而增大。HMX-F2311的断裂方式与应变率相关：初始应变主要集中于黏结剂F2311 ...查看全文

202 0 0 0 分子模拟 [其它]

分子模拟在高分子领域的应用

团子良

2022-8-18

图片新窗

分子模拟是对真实分子系统的计算机模拟，许多通过实验很难得到或无法得到的数据，通过模拟却可以轻松地获得，因为计算机可以清晰地展示分子的微观结构和计算材料力学性能等。它既不是实验方法也不是理论方法，它是 ...查看全文

196 0 0 0 分子模拟 [LAMMPS/DL_POLY]

CADD药物设计,MD

子牛

2022-3-11

新窗

线上直播，全程无限次回放观看关于举办CADD药物设计+薛定谔专题+分子动力学模拟GROMACS--AMBER的课程通知课程一：CADD药物分子相互作用、分子对接、靶点预测专题 1.1CADD药物分子相互作用、分子对接、靶点预测专题 ...查看全文

638 0 0 0 分子模拟 [GROMACS]

“LAMMPS分子动力学技术与应用”线上实战

hdp-ky

2020-12-18

图片新窗

关于举办“LAMMPS分子动力学技术与应用”线上实战培训的通知各有关单位:分子动力学模拟是一种研究分子体系结构与性质的重要方法，已被广泛用于化学化工、生物医药、材料科学与工程、物理等学科领域。传统实验需要大 ...查看全文

3029 0 0 0 分子模拟 [LAMMPS/DL_POLY]

计算机辅助药物设计以及Gromacs分子动力学

疯不觉

2020-12-16

精图片 - [回帖奖励 1 ] 新窗

当今，随着人类基因组计划的完成、蛋白组学的迅猛发展，以及大量与人类疾病相关基因的发现，药物作用的靶标分子急剧增加；计算机辅助药物设计是通过计算机模拟、计算和预算药物与受体生物大分子之间的关系，设计和优 ...查看全文

7955 0 0 0 分子模拟 [GROMACS]

gromacs分子动力学及计算机辅助药物设计培训

白茶清欢

2020-7-29

新窗

当今，随着人类基因组计划的完成、蛋白组学的迅猛发展，以及大量与人类疾病相关基因的发现，药物作用的靶标分子急剧增加；计算机辅助药物设计是通过计算机模拟、计算和预算药物与受体生物大分子之间的关系，设计和 ...查看全文

2566 1 0 0 分子模拟 [GROMACS]

MS分子动力学模拟后查看RDF曲线峰杂乱的问题

没放糖的咖啡

2020-5-13

图片新窗

做了单个分子吸附在金属表面上的动力学，在查看分子内具体原子距离金属表面的距离，用forcite RDF，选定该原子为set a, 金属表面第一层所有原子为set b，出来的径向分布函数曲线很乱，没有明显峰值点，如图，请问是 ...查看全文

2478 6 0 0 分子模拟 [热点前沿问题讨论]

分子动力学及第一性原理看看

旧梦如烟

2019-10-31

新窗

分子动力学模拟、第一性原理计算被广泛用于生命科学、化学工程、物理、医药、材料科学、电子学等领域。由于传统实验需要大量的人力物力而且耗时，而计算机模拟的方法省时省力，能有效提高科研效率；分子动力学模拟、 ...查看全文

2658 0 0 0 分子模拟 [资源]

lammps培训 vasp培训 gaussian培训 gromacs培训

kh668

2019-10-31

新窗

2814 0 0 0 分子模拟 [资源]

分子动力学与第一性原理

hdp-ky

2019-9-18

新窗

分子动力学及第一性原理 https://share.weiyun.com/56VAbyF 三个课程，每班每人￥4300元（含报名费、培训费、资料费），食宿费用自理。 9月30日之前汇款优惠400，10月12日之前汇款优惠200，名额有限；如需开具会议 ...查看全文

2927 0 0 0 分子模拟 [资源]

lammps基础到进阶

旧梦如烟

2019-8-2

新窗

互动派（北京）教育科技有限公司举办的lammps与vasp培训 1、小班授课，培训教室配备有服务器、投影； 2、对知识进行系统讲解，由浅入深，配合案例解析边讲边练，让学员能运用模拟软件针对每个技术点进行上机操作 ...查看全文

2978 1 0 0 分子模拟 [LAMMPS/DL_POLY]

拟合液滴的边界

蕥沫

2018-12-6

新窗

我通过lammps模拟一个液滴，请问怎么能把它的边界拟合成一个圆？十分感谢

2596 1 0 0 分子模拟

lammps反应力场

hustlin

2018-12-29

新窗

lammps采用reaxcc力场时，怎么采用混合力场，采用混合力场时，能实现shake的功能吗？

2615 0 0 0 分子模拟 [LAMMPS/DL_POLY]

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