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极客学术-科研知识第一站»论坛 › 【计算模拟】› 分子对接

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分子对接

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新窗

招聘版主，希望大神积极参加！

极客学术

2018-12-17

附件置顶

为了更好促进求职招聘版的发展，招聘各版版主，有意者请积极参加，随时联系我。基本要求： 1.及时回复版内新人咨询，有相对丰富的求职经验（kanke），热心助人； 2.删除广告贴、重复贴，置顶推荐好的求职经验分享帖 ...查看全文

8492 1 0 0 版主招聘，申请及离职
发帖奖励标准

极客学术

2018-12-19

置顶

帖子评分奖励和惩罚标准该标准适用于论坛各个版块（各区的区务版块不包括在内），个别区由于特殊原因会有所不同，在贴后会有说明。该标准只规定了奖罚的上下限，希望各位版主公平公正的评分。奖励标准中所提及的精 ...查看全文

7565 0 0 0 版主招聘，申请及离职
极客学术积分规则

极客学术

2018-12-18

置顶

论坛总积分计算方程式：发帖数 * 0.5 + 威望 + 贡献 + 精华帖数 + 在线时间(小时) *.03 + 好友数 1.每天登录将获得2点极客币和5积分的增长。 2.参与论坛投票获得极客币1点同时总积分加1（此项每天只能获得10点） ...查看全文

7088 0 0 0 版主招聘，申请及离职
赞！小白也能做高大上的“分子对接”了

团子良

2022-12-8

图片新窗

今天题目里的“重磅”二字略显浮夸，但这个神器完全值得！近日，国内知名科研工具箱平台科研者之家（HOME for Researchers）发布了首个零基础的分子对接平台——Dockeasy。这足以重磅，是因为分子对接如果找公司至少 ...查看全文

1191 0 0 0 分子对接
国人佳作 | 分子对接经典案例解读！

团子良

2022-12-8

图片新窗

目前，多重耐药菌以及耐药菌感染引发的死亡等问题已成为全球关注的医学与社会问题，严重地威胁着感染性疾病的治疗，为此迫切需要能够抵抗多重耐药菌的具有新结构与新作用机制的抗菌药物。而细菌RNA聚合酶已成为最热 ...查看全文

1299 0 0 0 分子对接
【科研干货】AutoDock进行柔性分子对接

团子良

2022-8-24

图片新窗

Autodock是一款分子对接软件包，开源且免费，官方网址是http://autodock.scripps.edu/，包括AutoDock和AutoGrid两个模块，AutoDock软件包下载地址为http://autodock.scripps.edu/down ... -4-2-download-page/，包括 ...查看全文

1139 0 0 0 分子对接
高逼格的分子对接+生信套路怎么玩？

团子良

2022-8-18

图片新窗

分子对接是通过受体的特征以及受体和药物分子之间的相互作用方式来进行药物设计的方法。主要研究分子间(如配体和受体)相互作用，并预测其结合模式和亲合力的一种理论模拟方法。近年来，分子对接方法已成为计算机辅助 ...查看全文

1081 0 0 0 分子对接
分子对接软件总结

隔壁庄

2022-1-14

新窗

分子对接方法探讨了小分子在靶蛋白结合位点的行为。随着使用X射线晶体学或核磁共振（NMR）光谱实验确定更多的蛋白质结构，分子对接越来越多地用作药物发现的工具。对于结构未知的蛋白质，也可以与同源性建模的靶标对 ...查看全文

1689 0 0 0 分子对接
《中医学》期刊详情介绍

kepu1126

2021-11-5

新窗

《中医学》是汉斯出版社出版的一本关注中医学领域最新进展的国际中文期刊，主要刊登研究人体生理病理，疾病诊断，防治等在中医学中的最新应用的论文。在第6版《中国学术期刊评价研究报告（武大版）（2019-2020）》 ...查看全文

2418 0 0 0 分子对接
GOLD

蔷薇的眼泪

2018-12-5

新窗

求GOLD对接软件的免费试用网址

3615 4 0 0 分子对接
分子对接，在pymol中形成pdb复合物后，查看相互作用力问题（氢键

疯不觉

2020-5-13

新窗

使用Autodock vina做完对接后，导入pymol软件查看配体与蛋白的氢键作用，按照教程说的find-polar contacts-to other atoms in objects,却没有显示除氢键。但是直接导入原配体蛋白又可以显示氢键关系，请问有人知道如 ...查看全文

4261 1 0 0 分子对接
分子对接，在pymol中形成pdb复合物后，查看相互作用力问题（氢键）

互动派蛋黄派

2020-5-11

新窗

使用Autodock vina做完对接后，导入pymol软件查看配体与蛋白的氢键作用，按照教程说的find-polar contacts-to other atoms in objects,却没有显示除氢键。但是直接导入原配体蛋白又可以显示氢键关系，请问有人知道如 ...查看全文

2766 3 0 0 分子对接
autodock最后run的时候出错误

香雪醉清风

2018-12-5

新窗

我在运行 run autodock时，会出错误。提示是：too few values read in check grid map'a' 还有error:error in readmap 另外生成的文件也特别小。求问什么原因呀谢谢 ...查看全文

3536 6 0 0 分子对接
autodock在 win10运行怎么样

俏皮小妞

2018-12-5

新窗

大家有没有在win10下运行过autodock啊，我之前在win7能顺利运行，现在升级系统了，运行始终不能正常进行，谢谢！查看全文

3337 3 0 0 分子对接
谁能做个lefrag和lewater基础视频

凝晚雪

2018-12-5

新窗

希望坛子里高手能出手做个类似于ledock那样的基础视频。多谢了

3105 0 0 0 分子对接
新手学习学习

苏雪痕

2018-12-5

新窗

对于一个刚接触这个领域的，好多专有名词并不懂，希望版主能出一个帖子，以案例为例，每一步和我们讲解这么做的目的是什么。小弟在这里先感谢了，工作量会比较大吧，辛苦了版主，感谢。 ...查看全文

3342 2 0 0 分子对接
AUTODOCK一打开就Python Shell报错

雪鸾莎

2018-12-5

新窗

各位大侠啊，我在电脑里安装了AUDOTOCK后，一打开运行就会在Python Shell窗口里有报错信息，这是什么问题呢？我用的是Mac电脑，会跟这个有关吗？多谢多谢！！ ...查看全文

3890 3 0 0 分子对接
autodock用蛋白的原配体对接蛋白，发现得分不高是怎么回事。

云游四海

2018-12-5

新窗

在rcsb蛋白数据库下的蛋白，把原配体抠掉，重新用原配体去对接，发现得分不高，是怎么回事，对接能只有-7.9。求助。！！！@川太狼查看全文

3484 4 0 0 分子对接
急急急！cdocker相关问题请教

江雪舞

2018-12-5

新窗

请教各位大神， CDOCKER的两个结果评价函数，一个是CDOCKER energy，另一个是CDOCKER interaction energy，如果不借助其他评价方法的话，这两个函数一般用哪一个表示呢？具体是越大越好吗？谢谢！ ...查看全文

5913 4 0 0 分子对接
求助help

静待她回来

2018-12-5

新窗

最近服务器上用薛定谔跑虚筛不能多核并行了，也不知道是什么原因有没有大神遇到过类似情况？我想在自己电脑上（4核）用specs库（21万左右个化合物）跑虚筛，不知道需要多长时间？请前辈们指点 ...查看全文

3390 3 0 0 分子对接
RMSD值怎么算？

瞬杀

2018-12-5

新窗

从蛋白质晶体分别提取出蛋白质和配体，用autodock对接，然后对接结果的最优构象保存成pdb格式，用chimera提取配体构象，然后怎么和原有蛋白质晶体的配体构象进行对比，计算RMSD值？听说VMD可以计算，但是不会用TUT ...查看全文

3422 3 0 0 分子对接
怎样用Autodock 计算对接前后同一个分子的RMSD值

神宇

2018-12-5

新窗

蛋白是复合物，提取天然配体后用AutoDock对接，产生一系列构象，选取其中一个我认为最优的构象，想计算对接前与后这个配体分子的RMSD值，验证对接方法的可靠性。请问用AutoDock如何实现？ ...查看全文

3213 0 0 0 分子对接
autodock/vina/PyRx

晨曦遇晓

2018-12-5

新窗

之前一直在看别人发的帖子，赶脚自己也应该发一个。我是今年5月份才开始接触分子对接的，可以说是从零开始。期间用过DS，Sybyl，最近又开始接触MOE，autodock，vina以及PyRx。由于AUTODOCK是所有文献中引用次数最多 ...查看全文

7109 15 0 0 分子对接

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