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MS分子动力学模拟后查看RDF曲线峰杂乱的问题

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#楼主# 2020-5-13

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做了单个分子吸附在金属表面上的动力学,在查看分子内具体原子距离金属表面的距离,用forcite RDF,选定该原子为set a, 金属表面第一层所有原子为set b,出来的径向分布函数曲线很乱,没有明显峰值点,如图,请问是怎么回事?如何解决,谢谢!

我用的是std文件,一共有250frame, 选择的是统稳定后的40frame


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晚风撩人 发表于 2020-5-13 15:29:45
互换下ab设置对象
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晚风撩人 发表于 2020-5-13 15:30:29
怎么样
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晚风撩人 发表于 2020-5-13 15:31:11
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没放糖的咖啡 发表于 2020-5-13 15:32:08

这个对结果没有影响的
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洒脱的像风 发表于 2020-5-13 15:32:54
你好,我想请教下如何选择平衡后的40呢?
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晚风撩人 发表于 2020-5-13 15:33:29
洒脱的像风 发表于 2020-5-13 15:32
你好,我想请教下如何选择平衡后的40呢?


Std做出来就是这样的,用xsd做出来就平滑很多
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