Gromacs最近发布了4.6的beta版本，想尝尝鲜，于是就开始在集群上进行折腾。由于集群是曙光所装的很老的redhat4.6，很多新的软件安装起来都非常麻烦，装一个最新的gcc都弄了我一天时间，坑爹啊。另外，Gromacs从4.6开始不再支持传统的 configureautoconf/make编译安装，只能通过CMake安装，一开始有些不习惯，但是上手以后，发现非常方便。下面简单记录安装过程。需要说明的是，由于各个机器上的系统都不完全相同，安装过程可能略有不同，所以这里的记录的过程不是通用的，仅供参考。

1. 安装CMake
下载最新版本的CMake，下载网址：http://www.cmake.org/cmake/resources/software.html
按照传统的四步步骤安装即可，即 解压->./configure ->make-> make install
2. 安装fftw
./configure --prefix=/opt/fftw-3.3.3-sse2 --enable-shared--enable-sse2
make -j 8 (多核编译）
make install
3.安装openmpi
下载地址：http://www.open-mpi.org/
安装过程与安装CMake和fftw相同
说明：在我的机子上也安装有mpich2-1.5，但是我发现在安装gromacs的并行版本的时候，如果用mpich2的话会出错，而用最新版本的openmpi-1.6.3则没有问题，顺利安装。最新版本的mpich-3.0.1没有试过，因为我的机子无法安装mpich-3.0.1，原因不明。
4. 安装Gromacs
(1)下载并解压，然后在解压后的gromacs-4.6-beta3文件夹建立一个目录build用来编译源代码。
cd build （接下来的操作都是在build目录完成）
（2）安装串行版本的Gromacs
CMAKE_PREFIX_PATH=/opt/fftw-3.3.3-sse2 CC=icc FC=ifort F77=ifortCXX=icpc LDFLAGS="-limf -lm" cmake..-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-4.6-b3
这里，第一个参数指定了fftw的位置，然后我用的是intel的编译器，机器上虽然装了最新本版的gcc-4.7.2，但是编译的时候出错，不知为什么，换用intel的编译器，顺利编译，后面这个LDFLAGS="-limf-lm"是用intel编译器时必须的，不然编译的时候也会出现警告和错误。最后一个参数是指定gromacs的安装位置，需要说明的是，gromacs网站上好像有点错误，他最后一个参数给的是：-DGMX_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-4.6-b3，按照这个选项装的话，gromacs不能被装到指定位置，而是装到了/usr/local/gromacs下。
make -j 8
make install
（3）安装并行版本的Gromacs
rm -rf * （先把前一步编译的文件删除）
CMAKE_PREFIX_PATH=/opt/fftw-3.3.3-sse2:/opt/openmpi-1.6.3 CC=iccFC=ifort F77=ifort CXX=icpc LDFLAGS="-limf -lm" cmake ..-DGMX_MPI=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-4.6-b3
make mdrun -j 8
make install-mdrun
这里只要编译mdrun即可，因为其它程序的并行版本没什么用。
(4)安装双精度并行版本的Gromacs
在某些时候（比如能量最小化的时候），可能会用到双精度版本的gromacs。因为我是在集群上使用gromacs，并行用的多，只装一个并行的双精度版本，串行的双精度版本就不装了。
rm -rf *
CMAKE_PREFIX_PATH=/opt/fftw-3.3.3-sse2:/opt/openmpi-1.6.3 CC=iccFC=ifort F77=ifort CXX=icpc LDFLAGS="-limf -lm" cmake ..-DGMX_MPI=ON -DGMX_DOUBLE=ON -DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF-DGMX_BINARY_SUFFIX="_mpid" -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-4.6-b3
双精度是通过 -DGMX_DOUBLE=ON选项来控制。然后选项“-DGMX_DEFAULT_SUFFIX=OFF-DGMX_BINARY_SUFFIX="_mpid"指定了双精度并行版本的mdrun程序的下标，即双精度的并行版本的mdrun程序对应的文件为mdrun_mpid.
完成！！！
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使用LDFLAGS="-limf -lm"之后，编译的时候会出现如下提示
Linking C executable eneconv
icc: warning #10315: specifying -lm before files may supercede the Intel(R) math library and affect performance
LDFLAGS="-limf -lm"这东东是提高性能还是影响性能，求解答