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作者:黑发尤物 发表于 2018-10-24 11:57:43
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请求大神帮助~拜托拜托。
之前让朋友帮忙编译了个VASP在超算上面,是PBS管理系统的,但是我利用提交命令一直在排队,也不要到错误在哪里,,,我看网上输入qstat -f jobid查看了,也不明白错误怎么改,请求大神帮帮忙
这是我的vasp.pbs
[Zhaohq@mu02 vaspnewtest]$ vi vasp.pbs

#!/bin/bash
#PBS -q PUBLIC
#PBS -l walltime=100:00:00
#PBS -S /bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=16
#PBS -m abe
#PBS -N Ga2SSem12
###PBS -o test4.out
###PBS -e test4.err

echo $PBS_O_WORKDIR
export PATH=/public/software/openmpi-intel/binPATH
export LD_LIBRARY_PATH=/public/software/openmpi-intel/lib:/public/software/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl/lib/intel64LD_LIBRARY_PATH
source /public/software/intel/composer_xe_2015.1.133/bin/ifortvars.sh intel64
source /public/software/intel/composer_xe_2015.1.133/bin/iccvars.sh intel64
source /public/software/intel/composer_xe_2015.1.133/mkl/bin/intel64/mklvars_intel64.sh

EXE=~/bin/vasp_std
#/public/home/zhaohan/bin/vasp.5.3-optcell/vasp

cd  $PBS_O_WORKDIR

cat $PBS_NODEFILE
NP=`wc -l $PBS_NODEFILE | awk '{ print $1 }'`
cat $PBS_NODEFILE | awk '{n++; if(n%24==0) print $1 }' > ./machines


/public/software/openmpi-intel/bin/mpirun -machinefile $PBS_O_WORKDIR/machines -np $NP $EXE >out

echo '--------------Job ends at----------------------------'
date "+%k:%M:%S %b-%m-%Y"
echo '-----------------------------------------------------'

这是我输入qstat -f出来的东东。
[Zhaohq@mu02 ~]$ qstat 1509550.mu01
Job ID                    Name             User            Time Use S Queue
------------------------- ---------------- --------------- -------- - -----
1509550.mu01               tests            Zhaohq                 0 Q taihezi        
[Zhaohq@mu02 ~]$ qstat -f 1509550.mu01
Job Id: 1509550.mu01
    Job_Name = tests
    Job_Owner = Zhaohq@mu02
    job_state = Q
    queue = taihezi
    server = mu01
    Checkpoint = u
    ctime = Thu Oct 11 17:23:52 2018
    Error_Path = mu02:/public/home/Zhaohq/lyz/gra/tests.e1509550
    Hold_Types = n
    Join_Path = oe
    Keep_Files = n
    Mail_Points = a
    mtime = Thu Oct 11 17:23:52 2018
    Output_Path = mu02:/public/home/Zhaohq/lyz/gra/tests.o1509550
    Priority = 0
    qtime = Thu Oct 11 17:23:52 2018
    Rerunable = True
    Resource_List.nodect = 8
    Resource_List.nodes = 8
    Resource_List.walltime = 9999:00:00
    Variable_List = PBS_O_QUEUE=taihezi,PBS_O_HOME=/public/home/Zhaohq,
        PBS_O_LOGNAME=Zhaohq,
        PBS_O_PATH=/public/software/intel/bin:/public/software/intel/advisor_
        xe_2015.1.10.380555/bin64:/public/software/intel/vtune_amplifier_xe_20
        15.1.1.380310/bin64:/public/software/intel/inspector_xe_2015.1.2.37916
        1/bin64:/public/software/intel//impi/5.0.2.044/intel64/bin:/public/sof
        tware/intel//itac/9.0.2.045/intel64/bin:/public/software/intel/compose
        r_xe_2015.1.133/bin/intel64:/public/software/intel/composer_xe_2015.1.
        133/debugger/gdb/intel64_mic/bin:/public/home/Zhaohq/bin:/usr/java/jre
        1.8.0_121/bin:/usr/java/jre1.8.0_121/bin:/public/software/tsce4/maui/s
        bin:/public/software/tsce4/maui/bin:/public/software/tsce4/torque6/bin
        :/public/software/tsce4/torque6/sbin:/usr/local/bin:/usr/lib64/qt-3.3/
        bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:.:/public/home/Z
        haohq/.local/bin:/public/home/Zhaohq/bin,
        PBS_O_MAIL=/var/spool/mail/Zhaohq,PBS_O_SHELL=/bin/bash,
        PBS_O_LANG=en_US.UTF-8,
        PBS_O_SUBMIT_FILTER=/public/software/tsce4/torque6/bin/submitfilter.s
        h,PBS_O_WORKDIR=/public/home/Zhaohq/lyz/gra,PBS_O_HOST=mu02,
        PBS_O_SERVER=mu01
    euser = Zhaohq
    egroup = Zhaohq
    queue_type = E
    etime = Thu Oct 11 17:23:52 2018
    submit_args = vasp.pbs
    fault_tolerant = False
    job_radix = 0
    submit_host = mu02
    request_version = 1
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发表于 2018-10-24 11:58:01 | 显示全部楼层
用我们超算吧,不排队,直接软件给你安装好了
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 楼主| 发表于 2018-10-24 11:58:15 | 显示全部楼层
男T台步 发表于 2018-10-24 11:58
用我们超算吧,不排队,直接软件给你安装好了

能帮忙解决下问题吗换计算平台可以考虑的
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发表于 2018-10-24 11:59:06 | 显示全部楼层
男T台步 发表于 2018-10-24 11:58
用我们超算吧,不排队,直接软件给你安装好了

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发表于 2018-10-24 11:59:18 | 显示全部楼层

你们的超算要排队时间长吗
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若如初见 发表于 2018-10-24 11:59
你们的超算要排队时间长吗

不需要,很少有,可以先测试
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下次用你们的
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发表于 2018-10-24 12:00:23 | 显示全部楼层

可以,性能比这个好很多
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