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极客学术»论坛 › 【计算模拟】› 图形可视化

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图形可视化

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新窗

分子模拟

诗酒趁年华

2019-1-3

新窗

求助各位大神，我已经在autodock中实现的分子对接，但是用pymol软件打开时不显示受体蛋白质，只有底物分子，请问原因是什么？怎么解决？查看全文

1596 0 0 0 图形可视化 [Pymol]
如何运用ADT、VMD或Pymol拆分pdb文件中的受体与配体？

生性凉薄

2019-1-3

新窗

如何运用ADT、VMD或Pymol拆分pdb文件中的受体与配体？[/backcolor]

1528 3 0 0 图形可视化 [Pymol]
sybyl对接完之后保存的问题

情场老司机

2019-1-3

新窗

请问，我sybyl对接完之后，输出PDB的文件，想导入pymol优化，可是文件总是不对，请问如何保存带有小分子的对接口袋那块的PDB文件，我搜到有人说用merge，但是我edit 下拉菜单里merge是灰色的，点不了，请问大家怎么 ...查看全文

1116 2 0 0 图形可视化 [Pymol]
求PyMOL大神助攻～

北城以念

2019-1-3

新窗

各位大神，我是一个建模的小白～我现在有一个蛋白3D结构，知道几个蛋白聚集在一起可以形成一个外排通道，想把那个通道表示出来有没有什么方法？万分感谢！ ...查看全文

1211 0 0 0 图形可视化 [Pymol]
求大神指点PyMol 出现Invalid selection name PK1

因帅入狱

2019-1-3

新窗

选择两个原子后，使用CTRL+T，结果不能建立链接，命令框出现Invalid selection name PK1。[/backcolor] 请大神指点迷津。[/backcolor]查看全文

1117 0 0 0 图形可视化 [Pymol]
怎么给一个蛋白结构，中间加上亚铁血红素亚基？

因帅入狱

2019-1-3

新窗

用swiss model模拟出了酶的结构，但它应该是个含亚铁血红素的酶，模拟出来的结构不含亚铁血红素。[/backcolor] 我现在要做分子对接，要把亚铁血红素给它安上吧？[/backcolor] 这个用pymol怎么弄？[/backcolor] ...查看全文

1191 4 0 0 图形可视化 [Pymol]
白质结构的表面电势图，我怎样确定这个正电荷区域内的...

浅眠未安

2019-1-3

新窗

您好，我想请教一下我用pymol做了一个蛋白质结构的表面电势图，活性位点在正电荷区域内，我怎样确定这个正电荷区域内的氨基酸都是什么氨基酸？查看全文

1208 0 0 0 图形可视化 [Pymol]
Pymol软件安装问题

云卷云舒

2019-1-3

新窗

为什么我安装完Pymol后，Pymol没有外部窗口，就是命令输入窗口根本没显示，我换了好多版本，都是这个问题，怎么解决啊查看全文

1190 2 0 0 图形可视化 [Pymol]
PYMOL软件的中文教程，想模拟核酸的结构

薄荷味的猫

2019-1-3

新窗

请大神指教：PYMOL软件如何模拟核酸的高级结构？[/backcolor]

1241 6 0 0 图形可视化 [Pymol]
Pymol处理对接结果

情感通缉犯

2019-1-3

新窗

1.pymol如何改变氨基酸残基的Label的颜色，大小和位置 2.Pymol如何改变氢键的颜色，粗细 3.pymol如何改变distance的大小，位置和颜色查看全文

1149 3 0 0 图形可视化 [Pymol]
pymol下载

梦里清欢长

2019-1-3

新窗

谁知道pymol软件怎么下载，求大佬，非常感谢[/backcolor]

1237 8 0 0 图形可视化 [Pymol]
怎么画抗体药物偶联物（ADC）的结构

一身傲娇味儿

2019-1-3

新窗

各位大神们，我手头有Pymol和DS，也有抗体的三维结构pdb，我需要把小分子药定点偶联在某个半胱氨酸上，怎么样才把这小分子药在pdb结构上画上去？[/backcolor] ...查看全文

1197 3 0 0 图形可视化 [Pymol]
关于auto dock对接结果作图

听闻余生

2019-1-3

新窗

各位大大们，我重对接结果中找到了一个评分最好的构象，想通过pymol作图，在氢键显示是出现问题，小分子内部会形成氢键，这个问题是怎么回事？需要怎么解决？ ...查看全文

1141 2 0 0 图形可视化 [Pymol]
Pymol用法求助！！！！！急求各位大神！！！！！！！

迷人的混蛋

2019-1-3

新窗

各位大神，我的蛋白是四聚体，请问如何在pymol里只让它显示其中的一个单体，隐藏另外的三个？我是pymol小白？可否请大家给点具体的操作！！！！！！[/backcolor] ...查看全文

1187 3 0 0 图形可视化 [Pymol]
关于vina对接结果的一点问题想要请教一下大家

凉城温酒

2019-1-3

新窗

我用 vina 对接出结果之后，把受体文件和配体文件一同载入到 pymol 中，然后将二者保存为一个文件（即 file--save molecule...--选取配体和受体--勾选 one file--保存），接着讲保存的文件导入到 Ligplus 中查看，发 ...查看全文

1126 2 0 0 图形可视化 [Pymol]
求助我导师让我学docking 但是我不知道怎么用pymol

感情废物

2019-1-3

新窗

求问怎么用pymol找ligand site啊…

1231 7 0 0 图形可视化 [Pymol]
pymol对两蛋白做叠加

非洲小白脸

2019-1-3

新窗

pymol对两蛋白做叠加后RMA与软件计算的RMSD的区别，pymol对两蛋白做叠加后应该如何分析？有什么意义呢？[/backcolor]查看全文

1127 0 0 0 图形可视化 [Pymol]
蛋白定点突变三维结构模拟

爺们狠有范

2019-1-3

新窗

有人会做蛋白定点突变后的三维结构模拟吗？我用了pymol做了突变，但突变后结构上没能看出明显的变化。查看了一些帖子说没做动力学优化，不知道怎么做，有大神知道吗？其他软件也可以。。谢谢[/backcolor] ...查看全文

1122 1 0 0 图形可视化 [Pymol]
求助

他是命却似梦

2019-1-3

新窗

谁有pymol这个软件啊，我的电脑安装不了，帮我画弄两个蛋白图吧，谢谢

1086 2 0 0 图形可视化 [Pymol]
用Pymol测量蛋白的三维立体尺寸？

命里缺你

2019-1-3

新窗

用Pymol测量蛋白的三维立体尺寸？如何选定Ｘ Y Z三个轴，做蛋白的正交尺寸测量[/backcolor]

1161 3 0 0 图形可视化 [Pymol]

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