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gromacs分子动力学及计算机辅助药物设计培训

分子模拟  / GROMACS  / 倒序浏览   © 著作权归作者本人所有

#楼主# 2020-7-29

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当今,随着人类基因组计划的完成、蛋白组学的迅猛发展,以及大量与人类疾病相关基因的发现,药物作用的靶标分子急剧增加;计算机辅助药物设计是通过计算机模拟、计算和预算药物与受体生物大分子之间的关系,设计和优化先导化合物的方法;在计算机技术推动下,现在每项有一定规模的新药研究工作中,计算机辅助药物设计的研究都是一个基本的工作,世界上每一个大的制药公司都在使用计算机技术,致力发展该技术,应用前景十分广阔。
为全力做好教育系统新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控工作,确保广大师生的身体健康和生命安全,根据中央有关精神以及教育部《关于2020年春季学期延期开学的通知》,各级教育主管部门也纷纷提出将通过开展网络教学,确保“停课不停教、不停学”。应广大技术工作者要求,北京软研国际信息技术研究院特举办“第一性原理计算方法及应用”线上+线下实战培训班,本次培训由北京软研国际信息技术研究院主办,互动派(北京)教育科技有限公司承办,具体相关事宜通知如下:

gromacs培训点击链接
【时间地点】

“计算机辅助药物设计技术与应用
2020年8月1日——8月3日 在线直播(授课3天)
2020年8月14日——8月15日 杭州(授课2天)
“理论计算化学基础暨Gaussian入门+进阶实战与应用
2020年8月8日——8月9日 在线直播(授课2天)
2020年8月22日——8月23日 线下培训(授课2天)
“GROMACS分子动力学模拟技术与应用
2020年8月1日——8月2日 在线直播(授课2天)
2020年8月16日——8月17日 杭州(授课2天)
结合疫情发展状况及各省各高校实行的限制出入政策,若线下开班时间学员不能如期出行,则线下课程内容转为该时间段的线上教学,特此说明



培训专题: 计算机辅助药物设计技术与应用
主办单位:北京软研国际信息技术研究院
承办单位:互动派(北京)教育科技有限公司
培训时间: 2020年8月1日——8月3日 在线直播(授课3天)
2020年8月14日——8月15日 杭州(授课2天)
报到时间:2020年7月31 上午10点开始
报名截止:名额有限,报满为止

计算机辅助药物设计技术与应用”暑期培训班大纲

课程

学习内容

生物分子互作基础

1.生物分子互作用研究方法
1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理
1.2 分子对接研究生物分子相互作用
1.3 蛋白蛋白对接研究分子相互作用
蛋白数据库

1. PDB 数据库介绍
1.1 PDB蛋白数据库功能与可获取资源
1.2 PDB蛋白数据库对药物研发的重要性
2.PDB 数据库的使用
2.1 靶点蛋白结构类型、数据解读及结构序列下载
2.2 靶点蛋白背景分析及相关数据资源获取
蛋白结构分析

1. Pymol 软件介绍
1.1 软件安装及初始设置
1.2 基本知识介绍(如氢键等)
2.Pymol 软件使用
2.1蛋白小分子相互作用图解
2.2 蛋白蛋白相互作用图解
2.3 蛋白及小分子表面图、静电势表示
2.4蛋白及小分子结构叠加及比对
2.5绘制相互作用力
2.6 Pymol动画制作
3.实例讲解与练习
同源建模

1. 同源建模原理介绍
1.1 同源建模的功能及使用场景
1.2 同源建模的方法
2. Modeller,Swiss-Model 同源建模;
2.1 同源蛋白的搜索(blast等方法)
2.2 蛋白序列比对
2.3蛋白模板选择
2.4 蛋白模型搭建
2.5模型评价(蛋白拉曼图)
2.6 蛋白模型优化
3.实例讲解与练习
小分子构建

1. ChemDraw软件介绍
1.1小分子结构构建
1.2 小分子理化性质(如分子量、clogP等)计算
2.实例讲解与练习
小分子化合物库

1. 小分子数据库
1.1 DrugBank、ZINC、ChEMBL等数据库介绍及使用
1.2 天然产物、中药成分数据库介绍及使用
生物分子互作用Ⅰ

1. 分子对接软件(Autodock或薛定谔) 使用
2.1半柔性对接
2.1.1 小分子配体优化准备
2.1.2 蛋白受体优化及坐标文件准备
2.1.3 蛋白受体格点计算
2.1.4 半柔性对接计算
2.2对接结果评价
2.2.1 晶体结构构象对比
2.2.2 能量角度评价对接结果
2.2.3 聚类分析评价对接结果
2.2.4 最优结合构象的选择
2.2.5 已知活性化合物对接结果比较
2.3柔性对接
2.3.1 小分子配体优化准备
2.3.2 蛋白受体优化及坐标文件准备
2.3.3 蛋白受体格点计算
2.3.4 柔性对接计算
2.3.5 柔性对接结果评价
2.3.6 半柔性对接与柔性对接比较与选择
2.实例讲解与练习
虚拟筛选

1. 分子对接用于虚拟筛选(Vina或薛定谔)
1.1 虚拟筛选定义、流程构建及演示
1.2 靶点蛋白选择
1.3化合物库获取
1.4虚拟筛选(分子对接等)
1.5 结果分析(打分值、能量及相互作用分析)
2.实例讲解与练习
生物分子互作用II

1.预测蛋白-蛋白相互作用
1.1 受体和配体蛋白前期优化准备
1.2 载入受体和配体分子
1.3蛋白蛋白相互作用对接位点设定
1.4蛋白蛋白对接结果分析与解读
2.实例讲解与练习
构效关系分析

1. 3D-QSAR模型构建(Sybyl软件)
1.1 小分子、小分子数据库构建
1.3 小分子加电荷及能量优化
1.4 分子活性构象确定及叠合
1.5 创建3D-QSAR模型
1.6 CoMFA和CoMSIA模型构建
1.7 测试集验证模型
1.8模型参数、等势图分析
1.9 3D-QSAR模型指导药物设计
2.实例讲解与练习
分子动力学模拟

1. Gromacs 进行分子动力学模拟
1.1 配体分子的处理
1.2 蛋白结构的处理
1.3 修改蛋白坐标文件
1.4 修改拓扑文件
1.5 构建盒子并放入溶剂
1.6 平衡系统电荷
1.7 能量最小化
1.8 NVT平衡
1.9 NPT平衡
1.10 产出动力学模拟
2. 分子动力学结果分析
2.1轨迹文件观察
2.2能量数据作图
2.3计算斜方差
2.4 测量回旋半径
2.5 计算结构的RMSD 值
2.6计算原子位置的根均方波动
2.7计算模拟过程中分子间的氢键的数目、距离或角度
3. 结合自由能计算
3.1 创建一系列反应路径分子构型
3.2 提取模拟间隔质心轨迹
3.3 模拟每个构型的伞形采样
3.4 柱状图分析计算结构自由能
4. 实例讲解与练习
部分案例图示:
主讲老师

2015-2017年哈佛(Harvard University)联合培养博士,2018年至今在中国药科大学任教,长期从事计算机辅助药物的研究在 J. Med. Chem., J. Chem. Inf. Model. , Mol. Phar., Eur. J. Med. Chem.等国际学术期刊发表 SCI论文 20余 篇(由于涉及到老师信息,本名不方便透露,上课时会做介绍)
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白茶清欢 发表于 2020-7-29 10:22:03
http://icesci.cn/hdp/2020/0701/0205106.html     gromacs培训链接
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