请问谁有密码子优化软件或者在线优化网址？
坐等。

1.先根据你的蛋白序列，输入到http://mcl1.ncifcrf.gov/dnaworks/，选择相应的物种，就可以自动给出该物种的优化序列。

参考下面的这篇文章：
DNAWorks: an automated method for designing oligonucleotides for PCR-based gene synthesis.

2.一个密码子优化的网站 http://www.jcat.de/
其实早就开始使用这样的一个网站，虽然名气不大，但功能很强大，而且近几年做的很多的 蛋白表达都用这个网站进行了优化，而且明显发现了优化的效果，今天又用了一下，想起来推荐给大家，希望能给一些苦于表达量少或是没有产物的同志以帮助。

3. http://www.kazusa.or.jp/codon/
这是一个专门的密码子数据库，在里面先输入你要表达的动物的名称，就可以得到关于这个哺乳动物表达系统的密码子偏爱性表，然后把氨基酸序列翻译成相应的偏爱密码子就可以了！

4.密码子优化的一篇文献
High-level expression of a truncated 1,3-1,4-β-D-glucanase from Fibrobacter succinogenes in Pichia pastoris by optimization of codons and fermentation


5.利用Codon W可以对基因的RSCU，CAI，Fop和Nc等指标进行分析。

用于目的基因密码子优化的软件或网站包括：

（1）. DNAWorks(Hoover and Lubkowski 2002)，也可以利用DNAWorks 2.4在网上进行密码子优化设计。

（2）. Codon Optimizer(Fuglsang 2003)。

（3）.UpGene(Gao, Rzewski et al. 2004)。

（4）.Synthetic Gene Designer，软件的优点在于可以灵活指定密码子使用形式“模板”，或分别设定每个密码子的使用频率，也可以从文件或CUTG数据库读取。


6.DNAworks挺好的，不过其强项不在于密码子的优化如何好，而是同时兼得了基因全合成所需引物的设计，即经过密码子优化后的整个基因序列的拆分。我认为Jcat是基于Java的较好的密码子优化软件，可从网站下载单机版。当然还有CodonOPTIMIZER等等很多，也都可以借用。这些从Google上搜索codon optimize即可找到很多。

7.想着重提醒楼主的是，由于单个软件都会有其长处和短处，最好的办法是使用多个优化软件分别进行优化，然后使用软件计算优化后基因的适应度值（CAI，codon adaptation idex）。切莫只依靠单一的软件优化结果。

我做原核表达也要大肠杆菌密码子优化，可以请教一下吗？