• 回答数

    3

  • 浏览数

    2579

  • 收藏数

    0

作者:情感通缉犯 发表于 2019-1-3 16:40:51
跳转到指定楼层
1.pymol如何改变氨基酸残基的Label的颜色,大小和位置
2.Pymol如何改变氢键的颜色,粗细
3.pymol如何改变distance的大小,位置和颜色
分享:
回复

使用道具

该用户从未签到

新手上路

Rank: 1

积分
41
极客币
101
主题
14
帖子
40
注册时间
2018-10-22
在线时间
2 小时
性别
保密
发表于 2019-1-3 16:44:47 | 显示全部楼层

1. (1)Label的大小,颜色和位置可以通过以下命令设置:
             set label_size, 14        #14,换成自己想设置的是大小
             set label_color, red    #red,  换成自己想设置的颜色
             set label_position, (3,2,1)    #(3,2,1)相对于原坐标在x,y,z轴上的偏移量
     (2)Label的位置可以手动设置
              点击pymol窗口右下角的Mouse Mode,将3-Button Viewing模式更改成3-Button Editing模式
              按住ctrl,鼠标左键拖动Label,可以移动
              按住ctrl和shift,鼠标左键拖动Label,可以在z轴上移动
             label的详细设置,见https://pymolwiki.org/index.php/Label
2和3每有搞懂需求。
2中的氢键是用什么表示的呢?虚线(dash,自动找的)或者棍(stick,ligplot+导到pymol的),或者其他。
       如果是虚线(dash),可以通过以下命令设置颜色,粗细
       set dash_color, red        #red,换成你需要的颜色
       set dash_radius. 0.25     #0.25, 换成你需要的粗细(宽度)
       如果是棍(stick),也类似
       set stick_color, red
       set stick_radius, 0.25
3中的distance是根据坐标计算出来的,大小是不能改的,如果只是小数位数不同造成的四舍五入,可以用下面的命令更改
      set label_distance_digits, 3  #3, 表示小数点后的位数
  distance的数字就是一个Label,颜色、尺寸等都可以使用设置Label的方式更改
回复

使用道具 举报

该用户从未签到

新手上路

Rank: 1

积分
39
极客币
98
主题
15
帖子
43
注册时间
2018-10-22
在线时间
2 小时
性别
保密
发表于 2019-1-3 16:45:05 | 显示全部楼层
请问为什么在我Discovery Studio3.0中同源建模得到的目的蛋白在Pymol中打开后不能显示二级结构,模板蛋白在Pymol中打开后就可以显示二级结构,谢谢!
回复

使用道具 举报

该用户从未签到

新手上路

Rank: 1

积分
42
极客币
101
主题
14
帖子
44
注册时间
2018-10-22
在线时间
2 小时
性别
保密
 楼主| 发表于 2019-1-3 16:45:12 | 显示全部楼层
回复

使用道具 举报

高级模式 评论
您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册 微信登录
关于作者
情感通缉犯

用户组:新手上路

  • 主题

    14

  • 帖子

    44

  • 关注者

    1