Vina对接的结果如何与目标蛋白分子保存在一个文件里以便...

Autodock 4对接的结果(输出文件格式为xxx.dlg)可以用write complex功能与目标蛋白分子一起存成一个pdbqt文件，但Vina对接的结果（输出文件格式为xxx_vina.pdbqt）无法使用conformation里的write complex功能，那么该如何与目标蛋白分子保存在一个文件里以便导入LigPlus进行分析？尝试过用Pymol将两个文件合并另存为一个pdbqt文件，但发现LigPlus无法读取。

显示全部楼层 · 发表于 2019-1-3 15:14:03

autodock直接关联ligplus，先用autodock保存成pdb复合物，然后ligplus打开，但是这样也存在风险，有时候显示不完整；借用DS处理一下会较好

显示全部楼层 · 发表于 2019-1-3 15:14:09

谢谢回答，但我问的是Vina的结果，不是AutoDock的结果，Vina的结果无法保存成pdb复合物

显示全部楼层 · 发表于 2019-1-3 15:14:35

使用pymol将dlg和pdb合并生成pdb，再用ligplus分析，个别情况下提示无法进行分析，可用DS修改化合物名称

显示全部楼层 · 发表于 2019-1-3 15:14:39

pymol先打开大分子，然后将vina结果的out.pdbqt文件打开，就能出现在大分子中，然后save molecular，save to 一个文件，保存格式为pdb，然后用ligplus打开就行了

显示全部楼层 · 发表于 2019-1-3 15:14:47

用LigPlus打开时出现如下提示错误:
Exception in thread "AWT-EventQueue-0" java.lang.NullPointerException
at ligplus.Molecule.getResidueRange(Molecule.java:375)
具体用DS的什么功能，如何修饰化合物名称？