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作者:孤痞一刀 发表于 2019-1-3 11:50:28
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本人一新手,想计算抗原抗体的结合自由能。想采用APBS进行计算,但是官网上的关于binding energy的教学我不是很懂。其中有一点是用APBS的coulomb这个插件进行计算,我想问使用什么样的软件可以调用这个插件?之前我试过pymol,但是只能计算表面静电势。哪位大神能够解答我的问题呢,谢谢。

http://www.poissonboltzmann.org/examples/binding_energies/#topcall
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发表于 2019-1-3 11:50:43 | 显示全部楼层
apbs计算的并不是完整的binding energy,只是其中一部分。可以见这篇科学网但博文http://wap.sciencenet.cn/blogview.aspx?id=624301
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发表于 2019-1-3 11:51:00 | 显示全部楼层
完整的计算方法叫mm/pbsa(或者其变体mm/gbda),需要先跑分子动力学,然后杂合计算。可以用Amber软件,这个很多人用,不过收费,不过不贵;或者用免费的Gromacs,以及第三方开发的mm/pbsa计算程序,比如GMXPBSA或者gmmpbsa,可以参见博文http://wap.sciencenet.cn/blogview.aspx?id=808289
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发表于 2019-1-3 11:51:18 | 显示全部楼层
3楼中是“然后再计算”,不是“杂合”,打错了。
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