大家好，初学GROMACS，在分子力场方面遇到了一个棘手的问题。我做的是小分子药物与另一分子对接之后的动力学模拟。首先我采用autodock将两分子对接，对接结果采用Pymol保存成复合物pdb格式的输入文件；然后用Gromscs进行动力学模拟。GMX中第一步是pdb2gmx，之后会提示选择力场，我选择gromos力场（其实各个力场都试了），出现报错（），经询问查找，是对应力场下残基数据库没有相应的残基，但同时我的小分子也没有相应的力场。经过大家的帮助，我得知大概有两种方法可以解决这个问题，一个是用acpype来帮助生成力场，另一个是用prodrg来生成.itp文件，#include到top文件中（说的不详细）。查找资料已经接近一周了，期间得到了各位老师同仁的帮助，但还是没有解决。本人愚钝学的不是很明白，希望大家能在gromacs中生成小分子力场的方法或者实例（实例的链接也可以）or解决残基fetal error方法方面给出帮助。Sample Text，鄙人在此感谢大家


输入命令.png

http://sobereva.com/266

你先查找一下对接进去的复合物有没有残基缺失，或者不明原子等情况，如果有的话在pdb2gmx之前就应该修正好。然后再运行pdb2gmx加力场试试看。还有小分子应该先从复合物里抠出来，再对蛋白进行力场的赋予。

我不是做的蛋白质呀，我做的是两个小分子的对接。

两个小分子也可以对接？我们要不做蛋白与小分子的对接，要不就是蛋白和蛋白的对接。还没听说过小分子之间的对接呢。不吝赐教

谢谢你，我又查了查资料，pdb2gmx工具，是gromacs通用工具，只能用于蛋白质，DNA、RNA等的生物分子，其他的要用其他的方法。

不客气，祝你好运

嘿嘿，前期不太懂。不过基本上已解决……