我的问题是：我的计算结果和别人的MD结果（其与实验值误差很小）差了3个数量级。帮忙看看步骤上有没有什么问题，或者哪里量纲上错了。
我先计算常压下简单分子氢气的自扩散系数，文献中采用L-J势能，我用MS就使用COMPASS；
参照创腾初级教程中“气体在聚合物中扩散系数的测量”这一节，具体操作如下：
1）3D atomistic建立两个H原子的氢气分子，再用Discover的minimizer能量最小化，其中setup为nonbond：vdw&coulomb，atom based（改成group based就不能算）；
2）Amorphous cell建一个20nm边长的立方体格子，根据氢气密度0.09g/L，就是0.00009g/cc，但MS最小密度只能是0.0001g/cc，那就用这个反正差的不多，放入217个H2，然后再用Discover的minimizer能量最小化（还是应该用Amorphous cell的minimizer？但是好像区别不大）；
3）运行discover的Dynamics，只改了相应的温度，1w步平衡得到final structure，再算10w步得到full；
4）选择分子，edit sets，先选atoms：is H，将所有选中的设为sets；
5）Discover Analysis得到均方位移，根据数据画MSD与t的曲线算斜率，此处单位应该是A的平方/ps，即10-8(m的平方/s);
6)最后将斜率除以6得到自扩散系数，是10-8量级，而实验值是10-5次。
另请问：modifiy中charges这项的作用是什么？
我都头晕了，帮帮我吧，谢谢。

5）Discover Analysis得到均方位移，根据数据画MSD与t的曲线算斜率，此处单位应该是A的平方/ps，即10-8(m的平方/s);
Am的单位是10的负10次方不是你说的负8，看看是不是这个问题

2）Amorphous cell建一个20nm边长的立方体格子，根据氢气密度0.09g/L，就是0.00009g/cc，但MS最小密度只能是0.0001g/cc，那就用这个反正差的不多，放入217个H2很奇怪，217个H2，密度0.00009g/cc，这样建起来的盒子边长应该要40nm了吧？所以你不应该先确定盒子的大小，而应该先设置好H2的个数，比如说256个，然后设置密度为0.0001g/cc（确实是不能低至5位小数的），晶胞大小也就会根据你的粒子多少和密度随即确定下来了，不需要人为改动！
还有，你的体系只有217个H2，无法很好地模拟实际体系的吧？建议增加粒子数！以确保计算的准确性和精度！
这里用discover的minimizer进行能量最小化是没错的！！
group based是定义一组原子做计算的，你做的是H2，用全原子也是对的！
modifiy中charges是用来修改粒子电荷的，具体可以看看help！

很奇怪，217个H2，密度0.00009g/cc，这样建起来的盒子边长应该要40nm了吧？所以你不应该先确定盒子的大小，而应该先设置好H2的个数，比如说256个，然后设置密度为0.0001g/cc（确实是不能低至5位小数的），晶胞大小 ... 很详细，谢谢，又算了几组，分子数确实影响很大，我继续往大的算。

5）Discover Analysis得到均方位移，根据数据画MSD与t的曲线算斜率，此处单位应该是A的平方/ps，即10-8(m的平方/s);
Am的单位是10的负10次方不是你说的负8，看看是不是这个问题 谢谢，但我说的10-8，是将A2/ps这个单位转化为m2/s后的数量级，这个应该没错吧。

你好，我刚接触分子模拟，也是要做气体分子的扩散系数以及气体分子间碰撞问题的，请问一下，MS是能实现的吧？