通过程序直接一次生成所有的xyz坐标，即各个模拟步数的坐标都有。具体操作：
1.将下载的ms2xyz.pl，用文本打开，把文本中的my $doc = $Documents{"./
benzene
.xtd"}; 用红色标出的部分改成你需要转化的.xtd文件名；
2.ms2xyz.pl 文件导入到你需要转化.xtd文件的目录下；
3.并且打开ms2xyz.pl ，程序代码处于当前的激活状态；
4. 在MS的菜单下，选择tools-scripting-debug，程序自动开始转化.xtd文件的所有坐标，根据坐标的数量不一样，需要的时间也不一样。
5.执行完成后，系统会提示执行了多少个模拟步数，就是设置的模拟步数；最后会有一个trj.txt文本生成。就在.xtd的同一目录。

http://hi.baidu.com/sobereva/item/68b2d2866c0223ebe596e0c6

学习学习。

下载下来的东西怎么没有my $doc = $Documents{"./benzene.xtd"这个东西

我想问下大家怎么只取某一个原子的远动坐标？求交流！

MS新手，也想知道该怎么输出单个原子的运动轨迹，问题解决了吗？