就把这个硅单胞像第二个图那样显示

呃，没看到图片，好像ms里的原子都是按不同颜色设置的吧。你可以在右键里选display stile。那里边应该可以改颜色的。按住Alt再双击某原子可以选择一类原子。然后再右击哈。