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作者:悲剧上演 发表于 2018-12-12 16:56:46
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我想统计高分子链的珠链的二面角分布情况
请问选择那个计算参量?以及是不是要edit set?
非常感谢
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发表于 2018-12-12 16:57:10 | 显示全部楼层

you could use torsion angle distribution as analysis tool in DISCOVER module. as you said, all the torsion angle as a set should be defined...
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 楼主| 发表于 2018-12-12 16:57:15 | 显示全部楼层
谢谢,不能定义整条链阿,在一个box里的链,每个torsion angle单独定义?就是怎么定义set不明白
非常感谢
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 楼主| 发表于 2018-12-12 16:58:46 | 显示全部楼层
自己提问自己解答:
具体用到Find Patterns dialog。先从长链中copy出4个C相连的结构,放在一个新的文件3D Atomistic文件中,或者手动画4个C相连的结构,保存,命名为dihedral.xsd。用工具箱中measure torsion来测定这4个C的dihedral angle的值,此时dihedral.xsd中出现torsion的值。保存dihedral.xsd,并选中这个dihedral的值,注意不要选择上原子。
调换到要测量dihedral angle的文件或者轨迹文件,用edit-->find pattens。在pattern document里选择dihedral.xsd,在match property里选择elementType,点击Find。然后所有含4个C的二面角的值都计算出来了,这需要时间。
用forcite-->analysis,此时按预设值, 点analyze即可,不用选择sets项,然后就会出来dihedral angle的分布图
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发表于 2018-12-12 16:59:03 | 显示全部楼层
非常感谢,我终于做出来了,楼主是个大好人啊!!
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 楼主| 发表于 2018-12-12 16:59:11 | 显示全部楼层
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