从蛋白质晶体分别提取出蛋白质和配体，用autodock对接，然后对接结果的最优构象保存成pdb格式，用chimera提取配体构象，然后怎么和原有蛋白质晶体的配体构象进行对比，计算RMSD值？

听说VMD可以计算，但是不会用TUT，求帮忙.

直接在autodock对接的时候就可以选择RMSD值对比哦，不需要用其他软件。

不是很明白楼上的大佬是如何在AutoDock 直接可以看出RMSD值，能否添加图文说明一下。