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作者:瞬杀 发表于 2018-12-5 17:52:11
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从蛋白质晶体分别提取出蛋白质和配体,用autodock对接,然后对接结果的最优构象保存成pdb格式,用chimera提取配体构象,然后怎么和原有蛋白质晶体的配体构象进行对比,计算RMSD值?

听说VMD可以计算,但是不会用TUT,求帮忙.

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发表于 2018-12-5 17:53:03 | 显示全部楼层
直接在autodock对接的时候就可以选择RMSD值对比哦,不需要用其他软件。
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发表于 2018-12-5 17:53:12 | 显示全部楼层
不是很明白楼上的大佬是如何在AutoDock 直接可以看出RMSD值,能否添加图文说明一下。
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 楼主| 发表于 2018-12-5 17:53:16 | 显示全部楼层
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