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autodock/vina/PyRx

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发表于 2018-12-5 16:59:13 | 显示全部楼层 |阅读模式
之前一直在看别人发的帖子,赶脚自己也应该发一个。我是今年5月份才开始接触分子对接的,可以说是从零开始。期间用过DS,Sybyl,最近又开始接触MOE,autodock,vina以及PyRx。由于AUTODOCK是所有文献中引用次数最多的(约30%),而且也是公认对接结果最准确的。所以我就简单讲讲我在autodock,vina学习过程中的一些问题,抛砖引玉!共同学习,共同进步!

autodock:安装貌似很麻烦,但是网上都有很多详细的步骤,一步一步来,肯定没问题。在使用过程中,建议大家新建一个文件夹,把autodock.exe, autogrid.exe,以及vina.exe 以及所有对接需要用到的文件都放在这个文件夹,燃用用ADT把该文件夹设置为默认工作路径,这样一来是方便查找对接结果,二来在运行程序的时候也不容易出错。之后就是受体和配体pdbqt文件的准备了,刚开始建议大家一步一步安装教程的方法准备对接文件,如果是虚拟筛选的文件,下面在PyRx里会介绍,用一个第三方软件实现批量转换。文件都准备好了,以及grid box 的参数都设置好了,就运行autogrid,然后设置对接参数,运行autodock,这时候,如果再ADT里直接运行,很可能会报错,说不能创建dlg文件,这时候你就需要在cmd里通过命令来运行autodock了。方法如下,打开cmd,通过命令找到你的autodock.EXE所在路径(就是自己创建的那个工作文件夹),以我的为例,我的文件都放在H盘的dock文件夹下,通过cd h:\dock 找到工作路径,然后再输入autodock4 -p XX.dpf -l xx.dlg & 回车运行 就ok了,其中XX表示的是dpf和dlg文件的文件名。运行成功后会在cmd里显示。然后用ADT打开dlg文件,分析对接结果就OKAY了。

vina:有文献认为vina是比autodock对接更准确的软件,而且运行速度超快的。如果是新手,我建议大家用vina,容易上手。安装好了后,把vina.exe拷到上面讲的工作文件夹目录中,用ADT准备好对接文件,然后在新建一个conf.txt 的文件,内容包括如下:receptor = 受体名.pdbqt ligand = 配体名.pdbqt center_x = 一个具体的数(grid box的中心),center_y =XX, center_z = xx size_x = xx size_y = xx size_z = xx .(这些数都是在adt中准备gridbox时设置的,把相应数据填入就行), 然后还是用cmd命令来运行vina。以我的工作目录为例先找到工作路径 cd h:\dock, 然后输入 vina --config conf.txt --log log.txt回车运行就OK了,运行完了后你会看到工作文件中多了一个受体名_out.pdbqt的文件,用adt或者pymol分析对接结果就好。

PyRx:这是一个用autodock,vina做虚拟筛选的图形化工具,个人觉得很不多,但是也有一些不足之处。我看网上说autodock只能在远程服务器上运行,而不能再本地上运行。我认为是可以的,只需要把autodock和autogrid的路径设置好也一样可以再本地机上运行,方法很简单,打开Edit-preferences 设置里面的autodock和autogrid的路径就好了。然后问他就是怎么批量转换pdbqt的文件了,首先说一个有缺陷的,就是在PyRx里有一个 open babel工作界面,可以打开sdf等多种文件格式的配体文件,打开后还可以对这些文件做最小化处理,然后在工作界面中点右键,选择convert all to autodock ligand (pdbqt)即可。但是,用这种方法转换得到的配体文件往往会出错,特别是对杂芳环上的N原则,本来N上市没有氢原子的,但是转换完了后,基本上所有杂芳环上的氮原子都加上了氢原子,这显然是不合理的。怎么办呢,脚本语言,不会的。用另外一个工具raccoon,打开包含多个配体分子的mol2文件,即可自动得到所有的配体文件pdbqt,然后把这些文件拷贝靠pyrx工作路径的ligands文件夹中即可,这样得到的配体文件基本上市没错的(至少目前为止我没有发现)。受体文件就一个,大家还是乖乖的在ADT里准备把,然后就可以开始虚拟筛选了。

对于虚拟筛选结果的分析,之前论坛里又说用DS可视化软件分析的,很不错,我自己也采用这种方式。在用pyrx虚拟筛选完了后,有一个问题,怎么把所有的化合物结构都导出成一个sdf文件,目前我没有找到合适的方法,告诉大家一个苯方法,还是用一个第三方软件 openbabel,可以把所有对接结果的pdbqt文件转换保护所有分子所有对接构象的一个sdf文件,然后用ds分析结果。

好了,先说这么多,后面的继续。觉得对新手有帮助的顶一个,在跟版主申请下能不能加精,哈哈!


Now, Let‘s DOCK! HAPPY DOCKING!
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发表于 2018-12-5 16:59:35 | 显示全部楼层
楼主,你的头像是MDM2蛋白和小分子吗?看起来好像呀!
谢谢楼主解决了我的问题!
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 楼主| 发表于 2018-12-5 16:59:58 | 显示全部楼层
本帖最后由 晨曦遇晓 于 2018-12-5 17:02 编辑

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发表于 2018-12-5 17:02:05 | 显示全部楼层
呵呵 不错!支持这样的分享,对新手来说是很重要的!但文章中的错别字还是要少点
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 楼主| 发表于 2018-12-5 17:02:30 | 显示全部楼层
一个一个敲的!这能说明是原创,而不是复制粘贴哦!
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发表于 2018-12-5 17:02:37 | 显示全部楼层
哈哈!嗯是的,不过也有copy错的:) 也是哈,有错别字被人抄袭后也有错别字,那么就更好玩了!
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 楼主| 发表于 2018-12-5 17:02:49 | 显示全部楼层

好吧!!不过因为残缺,所以完美哦。我也不打算再改了!
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发表于 2018-12-5 17:05:19 | 显示全部楼层
最近正好在学习autodock vina,感谢分享。同时也遇到了这样的问题。
进入安装目录下,如
F:\ruanjian\vina  >vina --config conf.txt --log log.txt
'vina' 不是内部和外部命令,也不是可运行的程序或批处理文件。
出现这样错误的原因是什么呢?
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发表于 2018-12-5 17:06:23 | 显示全部楼层
LZ, autogrid.exe在什么地方下?我怎么找不到.
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 楼主| 发表于 2018-12-5 17:06:28 | 显示全部楼层
你把vina.exe 拷贝到c:\windows\system32 试一下
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