写在前面：该问题目前并没有解决。

最近使用autodock进行对接，过程中出现两个错误：
1， 运行autogrid4时直接报的error2，这是因为进行autogrid时候没有指定autogrid4.exe的路径，指定绝对路径后，运行，没有问题。
2， 运行autogrid4，autodock4后得到dlg文件，点击Analyse --> Dockings ---> Open, 打开dlg文件，报错，错误如下：

Traceback (most recent call last):
  File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3852, in doit
    d.readDlg(dlgFile)
  File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\Docking.py", line 105, in readDlg
    self.ch = ConformationHandler(self.ligMol,
AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'

查看原始代码：
autoanalyzeCommands.py 中执行了代码如下（部分代码）：


[Python] 纯文本查看 复制代码
[backcolor=white !important]

1 2 3 4 5

from Docking import Docking if not addToPrevious or not self.vf.docked:     d = self.vf.docked = Docking() d = self.vf.docked d.readDlg(dlgFile)

而readDlg正是Docking类的一个方法，见Docking.py, Docking类下readDlg方法的定义如下（部分代码）：


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[backcolor=white !important]

01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14

def readDlg(self, dlgFile, ligand=None):     if ligand is not None:         self.ligMol = ligand     if self.defaultParser:         dlo = DockingLogObject(self, dlgFile)     else:         dlo = DockingLogObject(self, dlgFile, self.parser)     if len(dlo.parser.WARNINGS):         self.warnings.extend(dlo.parser.WARNINGS)     self.version = dlo.version     if not self.ch:         self.ch = ConformationHandler(self.ligMol, dlo.dpo['about']['value'])

                                                                          
从代码中可以看到ConformationHandler中有self.ligMol参数。而self.ligMol参数在前面的if语句中定义了，即：


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[backcolor=white !important]

1 2	if ligand is not None:     self.ligMol = ligand

这里是关键，ligand默认是None， 而调用的时候是用的d.readDlg(digFile),并没有传入ligand参数，也就是，这里ligand=None，该if语句不执行，也即self.ligMol不存在。这也是出现AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'的原因。

问题在于：不论digFile长什么样子，ligand始终为None，self.ligMol始终不存在。程序始终会报错。

写在前面：该问题目前并没有解决。

最近使用autodock进行对接，过程中出现两个错误：
1， 运行autogrid4时直接报的error2，这是因为进行autogrid时候没有指定autogrid4.exe的路径，指定绝对路径后，运行，没有问题。
2， 运行autogrid4，autodock4后得到dlg文件，点击Analyse --> Dockings ---> Open, 打开dlg文件，报错，错误如下：

Traceback (most recent call last):
  File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3852, in doit
    d.readDlg(dlgFile)
  File "C:\Program Files (x86)\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\Docking.py", line 105, in readDlg
    self.ch = ConformationHandler(self.ligMol,
AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'

查看原始代码：
autoanalyzeCommands.py 中执行了代码如下（部分代码）：


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[backcolor=white !important]

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from Docking import Docking if not addToPrevious or not self.vf.docked:     d = self.vf.docked = Docking() d = self.vf.docked d.readDlg(dlgFile)

而readDlg正是Docking类的一个方法，见Docking.py, Docking类下readDlg方法的定义如下（部分代码）：


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[backcolor=white !important]

01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14

def readDlg(self, dlgFile, ligand=None):     if ligand is not None:         self.ligMol = ligand     if self.defaultParser:         dlo = DockingLogObject(self, dlgFile)     else:         dlo = DockingLogObject(self, dlgFile, self.parser)     if len(dlo.parser.WARNINGS):         self.warnings.extend(dlo.parser.WARNINGS)     self.version = dlo.version     if not self.ch:         self.ch = ConformationHandler(self.ligMol, dlo.dpo['about']['value'])

                                                                          
从代码中可以看到ConformationHandler中有self.ligMol参数。而self.ligMol参数在前面的if语句中定义了，即：


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[backcolor=white !important]

1 2	if ligand is not None:     self.ligMol = ligand

这里是关键，ligand默认是None， 而调用的时候是用的d.readDlg(digFile),并没有传入ligand参数，也就是，这里ligand=None，该if语句不执行，也即self.ligMol不存在。这也是出现AttributeError: Docking instance has no attribute 'ligMol'的原因。

问题在于：不论digFile长什么样子，ligand始终为None，self.ligMol始终不存在。程序始终会报错。