得到的对接的结果，不晓得要怎么分析，RMSD怎么看啊？得到的构象是一个分子的多个构象吗？

Autodock的结果主要是看的打分和分子与蛋白的作用模式，如果有晶体中的配体，可以比较对接构象和晶体中配体的RMSD来看对接的准确性，但是结果文件中返回的RMSD值是指的对接得到的多种构象之间的RMSD，没有多大的意义。

明白啦，谢谢。。如果没有用RMSD来确认对接成功与否，那怎么来确定我这个分子是成功对接呢？

一般使用参照已有晶体中的配体分子与蛋白的结合模式，来对自己对接的分子是否具有类似的结合模式来判断。

恩，谢谢你的回复，我想继续一下，那怎么去判断原配体对接是否成功啊？