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作者:愛上自己的影子 发表于 2018-11-28 14:03:01
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大家好,按照教程,我为什么在
[color=]AMBERHOME/exe下找不到mmpbsa呢?
[color=]只找到pbsa
请帮忙啊

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 楼主| 发表于 2018-11-28 14:03:21 | 显示全部楼层
在/root/Amber/amber11/src/mmpbsa_py找到了MMPBSA,但是执行时出错:
node1:~/Amber/amber11/gujiali # /root/Amber/amber11/src/mmpbsa_py/MMPBSA.py -O -i mmpbsa_1b.in -o final_mmpbsa.dat -sp com_wat.top -cp com.top -rp pro.top -lp lig.top -y prod1.mdcrd
ptraj found! Using /root/Amber/amber11/AmberTools/exe/ptraj

Error: sander is needed for MMPBSA
NOTE: All files have been retained for debugging purposes. Type MMPBSA.py --clean to erase these files.
本人安装的是并行版sander,在exe文件夹中只有sander.MPI,不知道是不是和这个有关?
请高手指教啊
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 楼主| 发表于 2018-11-28 14:03:42 | 显示全部楼层
怎么样在跑MMPBSA的时候能调用sander.mpi啊?
我每次跑MMPBSA都出现:
File SANDER is not found
请高手指点啊
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发表于 2018-11-28 14:03:49 | 显示全部楼层
一般命令都在 $AMBERHOME/bin/里的,你的怎么能在src目录下呢
如果bin下没有就是你没安装好
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 楼主| 发表于 2018-11-28 14:03:58 | 显示全部楼层
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