我按照教程利用solvatebox com TIP3PBOX 12.0对体系加水，然后用sander做MD模拟，但是我用VMD看跑出的轨迹时，我发现水分子越跑越散开，我特意下载了教程提供的轨迹文件用VMD看发现他的轨迹也存在着同样的问题，难道solvatebox com TIP3PBOX 12.0命令不是将体系的边界限定好了吗？还需要用setBox文件对边界进行限制吗？
谢谢了

如果你是做的周期性模拟的话，这样是正常的。跑出盒子的水会在盒子的另一边再回到盒子里，这只是对计算来说的。在轨迹文件中，跑出盒子的水分子的坐标是不会变的，所以在用VMD看时，水会慢慢散开。

谢谢了，那我如果只用solvatebox命令加水，而没使用setbox命令算不算周期性模拟呢？

跑完的轨迹用ptraj中的image命令处理过，就不会出现楼主所说的现象了。如果觉得image麻烦，还可以直接在mdin中设置iwrap=1（前提是你不关心体系的扩散现象），然后再跑动力学。

明白了，真的非常感谢你啊，祝你工作顺利。