我在运行amber9的一个教程 在水盒子中限制性优化的一步出错。
错误信息是：
[root@xxx ]# sander -O -i min.in -o *.min.out -c
*.x -p delprmtop -r *.min.x
Unit 10 Error on OPEN: refc
因为是初学，所以问题比较多，希望大家指教，谢谢！

You need to tell sander to do this since the default value is "refc". You need to put in your script "-ref XX" where XX is the name of the reference coordinates.

我也遇到过，是因为你没有指定参照坐标文件(restrt)。
sander -O -i min.in -o *.min.out -c -ref /restrt文件所在路径/*.restrt (很多教程都是用.rst)
论坛也有一个Amber分子动力学简例可以参考一下，讲的还算详细。http://www.mdbbs.org/thread-158-1-1.html