我自己模建了一个蛋白，想用模拟退火的方法来模拟其最有可能的结构，amber中模拟退火需要产生一个限制文件。如何产生makeDIST_RST命令所需要的7列文件呢？
请高手指点！！

好像要自己做吧，根据你的要求，设定。根据情况那个限制文件可以自己做，有时我们不需要做那么多的限制。
推荐看看官网教程。
这里有一个dna的教程。不知能否帮到你。
http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial4/

这个例子我看到过了，只是我要限制蛋白中所有的键长、键角，如果手写的话可能不太可能。
还是非常谢谢了！！