我按照amber官网上的教程使用antechamber,就是按上面一步步走的,但是当使用loadmol2 命令时,tleap程序就自动关闭了。以下是我的过程:
antechamber -i sustiva_new.pdb -fi pdb -o sustiva.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2
parmchk -i sustiva.mol2 -f mol2 -o sustiva.frcmod
这两步都没有问题,生成的文件我也检查过,跟教程上给出的一样;
$tleap -f leaprc.ff99SB
source leaprc.gaff
到这里也没问题;
SUS = loadmol2 sustiva.mol2
上面这条命令输完之后程序自动结束,结束时输出如下:
> SUS = loadmol2 sustiva.mol2
Loading Mol2 file: ./sustiva.mol2
Reading MOLECULE named SUS
/root/amber10/bin/tleap: line 8: 23432 Segmentation fault/root/amber10/bin/teLeap -I/root/amber10/dat/leap/prep -I/root/amber10/dat/leap/lib -I/root/amber10/dat/leap/parm -I/root/amber10/dat/leap/cmd $*
网上找半天没有找到相关说明。而且我在不同的机器上试了一下,同样的问题,只是 23432换成了别的数字。
这是什么原因啊?该怎么改呢?
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