我想在跑MD的时候用pmemd代替sander，ntr=0的时候（位置限制关闭）的时候pmemd可以运行；当ntr=1（位置限制开启），pmdmd就不能运行。
不知道为什么？out文件中在5.reference atomcoordination这里断掉，好像是限制的group 找不到
但是这些限制的group是按照amber6、7的格式写的，用sander运行可以正确识别并运行；为什么用pmdmd就不能了呢？
是不是pmemd只能跑自由体系？还是限制的group格式比较特殊呀？

我想在跑MD的时候用pmemd代替sander，ntr=0的时候（位置限制关闭）的时候pmemd可以运行；当ntr=1（位置限制开启），pmdmd就不能运行。
不知道为什么？out文件中在5.reference atomcoordination这里断掉，好像是限制的group 找不到
但是这些限制的group是按照amber6、7的格式写的，用sander运行可以正确识别并运行；为什么用pmdmd就不能了呢？
是不是pmemd只能跑自由体系？还是限制的group格式比较特殊呀？