靶向分子动力学（TMD）关于tgtrmsd,tgtrmsmask和tgtfitmask的问题

各位大虾，我在TMD的过程中，有一些问题不是太清楚，希望大家帮忙解决一下，不胜感激。
在我的体系中，tgtfitmask和tgtrmsmask不同，tgtfitmask是需要重叠的残基，力是加到了tgtrmsmask上吗？tgtrmsd是tgtfitmask与参考结构的rmsd值还是tgtrmsmask与参考结构的rmsd值。current rmsd from reference :16.773
current targeted rmsd : 11.510
这两个值相差如此之大正常吗？还有current rmsd是如何计算出来的？current targeted rmsd是不是tgtfitmask与参考结构的rmsd值？多谢各位了

显示全部楼层 · 发表于 2018-11-27 16:43:30

自己先顶一个

显示全部楼层 · 发表于 2018-11-27 16:43:40

我想和你问问TMD的运行问题

显示全部楼层 · 发表于 2018-11-27 16:44:04

靶向分子动力学（TMD）主要用来解决什么问题呢？？？
thanks...

显示全部楼层 · 发表于 2018-11-27 16:44:20