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作者:离别伊人憔 发表于 2018-11-27 16:40:02
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各位同志,显示溶剂模型(explicit-solvent model)与隐式溶剂模型(implicit-solvent model )有什么主要区别。做amber时加的TIP3P水是显示溶剂模型是吗,amber能用隐式溶剂模型算吗,谢谢大家了!

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发表于 2018-11-27 16:40:21 | 显示全部楼层
TIP3P是显示溶剂模型,通常情况下,我们都选择显示溶剂模型,虽然隐式溶剂模型算起来要快很多
二者的主要区别是能量函数不同,隐式水减少了体系的自由度,而显示水考虑的溶剂化效应,增加了计算量。
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 楼主| 发表于 2018-11-27 16:40:32 | 显示全部楼层
谢谢学长,你看看邮箱,给你发了封邮件
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发表于 2018-11-27 16:40:45 | 显示全部楼层
觉得还是显示溶剂模型要实际点
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发表于 2018-11-27 16:40:50 | 显示全部楼层
在做REMD的时候,用隐式溶剂要相对简单一点。
如果,模拟时间很长的话,可以考虑采用隐式溶剂。
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 楼主| 发表于 2018-11-27 16:40:55 | 显示全部楼层
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