如图蛋白用tleap处理生成的拓扑和参数文件
在VMD显示的好难看，发现是N端NMET的氢凸出了很长的几条线，而且没有发现坐标有什么异常，是不是和我没做质子化有关啊
请问这是怎么回事呢？是我哪出错啊，真诚求教！谢谢

经反复查看问题出在inpcrd文件格式上了，目前还不能解决，
NASN
36566
-16.4090000 2.6780000 -11.9320000 -15.7000000 1.9740000 -11.7850000
-16.9170000 2.4560000 -12.7760000 -16.9080000 2.8220000 -11.0660000
-15.7300000 3.9630000 -12.2110000 -16.0230000 4.3320000 -13.1940000
-16.1210000 5.0120000 -11.1550000 -17.1980000 5.1640000 -11.2310000
。。。。
这个格式的第二行是原子数目36566，而VMD把它当成一个坐标来看了，所以显示出楼上的模样，但是删了这一行，就导不进VMD了，目前我是想用namd来跑这个体系，configure文件中需要知道
cellBasisVector1
cellBasisVector2
cellBasisVector3
cellOrigin   
这些信息，但是明显在VMD给的值是错的，{-38.68600082397461 -40.78799819946289 -33.20800018310547} {
36566.0
38.7599983215332 35.92399978637695}，真是头大。
set rmp [atomselect top "index 0"]
$rmp moveby {-36566 0 0}
问题解决。
见笑了

用pymol啊