平时一直都是设置cut＝10，有时候加10的水，有时候加12的水。
最近看教程，发现上面提到了这个截断值的设定还是有些原则的。比如说其值应该要小于所加水盒子的半径。而且如果用PME的话，推荐设定是8A。
有些不明白了，各位说下看其中的具体原理？
谢谢。

截断值简单地说就是如果小于或等于这个数值就计算相互作用能，否则就不计算。

可以参考下这个
http://archive.ambermd.org/201006/0138.html

加进去的水密度是不到1的，300K平衡时体积会缩一些的，所以水盒子要比cut大一点，免得周围出现真空