各位好,
我没有直接用Amber软件包,但是用到Amber力场参数(在Gaussian里面)。在发表于J. Am. Chem. Soc.,117, 5179 (1995)的Amber力场参数里,我发现有些扭转参数为0,不太理解。例如对X-CA-CT-X组成的二面角的参数为:
torsion, no. of paths, V_n/2, gamma, n
X-CA-CT-X, 6 , 0.00, 0.0, 2.0
又如:
CT-CT-C-N 1, 0.100, 0.0, -4.0
CT-CT-C-N 1, 0.000, 0.0, -3.0
CT-CT-C-N 1, 0.07, 0.0, -2.0
CT-CT-C-N 1, 0.000, 180.0, 1.0
对于CT-CT-C-N,既然第二和第四行为0,何必还要列出呢?
|
|