我的模拟体系是中间有个膜（膜使用了position restraint），在Z方向上把溶液隔开，膜中间有空，可以使溶液通过孔来实现流动。现在要使用NPT系宗来调节密度，想要保持XY平面大小不变，通过调节z方向的长度来实现，设置如下：
; Pressure coupling =
Pcoupl = berendsen
Pcoupltype = semiisotropic
; Time constant (ps), compressibility (1/bar) and reference P (bar) =
tau_p = 40 40
compressibility = 0 5e-5
ref_p = 0 10.0
refcoord_scaling = all
NPT系宗模拟的结果是Z方向上的长度不断增大，最后模拟的盒子里水中出现了真空。这很明显不对的按照我的理解，正确的结果应该是xy方向的盒子长度不变，而Z方向的盒子逐渐减小最后达到一个稳定的值。 请教各位，出现这样的错误，如何解决呢？非常感

如果使用位置限制的话，可以先在Z方向加入足够的水（另加，Z方向盒子大于你无水部分的2倍即可），用NVT系统先让水扩散到无水区。平衡一段时间后，把位置限制去掉，再用NPT系统来处理。
不清楚你用的是什么类型的水？

多谢您的回复
我前面的模拟步骤是这样的
前面已经有了NVT系统的平衡，但是NPT的时候又问题
我使用的是tip3p的水分子模型。

NPT为什么膜要做 位置限定；去掉看看吧
NPT系宗是个比较脆弱的系宗；其实你的体系用NVT即可；密度，可以自己提前计算好，为什么非要用NPT来弛豫好呢。似乎这不是解决问题的唯一途径