我想选择小分子配体周围0.5nm范围内的水分子并生成一个PDB文件，请问如果通过gromacs命令实现？谢谢大家。

vmd
within 5 of resname "小分子配体"

谢谢楼上的解答

LZ，碰巧看见你的帖子，请问如果生成PDB文件，需要什么文件

VMD can generate PDB files,you only need to transform your Total.gro to Total.pdb by command editconf, then use VMD to get what you want.

如果是想选出轨迹中间离小分子最近的若干水分子，可以看看gromacs中的 trjorder命令