求助：我模拟的两条链的蛋白质，模拟结束后想提取出其中一条链的轨迹在默认的索引文件中没有两条链单独的group，我是不是要重新建立新的索引文件重新mdrun才行呀，有没有捷径呐？

可以用make_ndx建立一个新的你需要的索引文件，不需要重新mdrun了

非常感谢你的回复啊！！多谢！！
我用以下两个命令行得到了protein_chain_B的轨迹
1.make_ndx -f md.gro -o index.ndx
定义protein_chain_A 和protein_chain_B
2.trjconv -f md.xtc -n index.ndx -o protein_chain_B.xtc
这样是正确的吧？
另外，用1产生索引文件也可以直接用于其他命令中，比如
g_covar -f md.xtc -s md.tpr -mwa -n index.ndx
然后选择protein_chain_B
    protein_chain_B
就可以直接只对B链计算协方差矩阵了。
我一开始还以为计算B链的协方差矩阵要先得到B的轨迹文件才行，其实用B的轨迹文件还不如直接用系统的轨迹文件加索引文件来的方便。
我这样做应该是对的吧？请指教啊！