今天把speptide跑了一遍，算是开始了俺的GROMACS之旅...用之前的word文档里的东西搞有不少问题，折腾了一天，中间还重装了一次Ubuntu，囧死我了。
把文件附上。
把用的命令附上。
希望对新手有些帮助吧。
注：word文档仅作参考，命令我全部重新贴了。
#第一步：1pdb2gmx.sh
pdb2gmx -f speptide.pdb -o speptide1.gro -p speptide1.top
#DO: 把PDB转化为GROMACS的结构文件gro和拓扑文件top
#Input: speptide.pdb
#Output: speptide1.gro speptide1.top
#第二步：2editconf.sh
editconf -f speptide1.gro-o speptide2.gro -d 0.7
#DO: editconf可以产生一个由用户指定的方形盒子来放置多肽
#Input: speptide1.gro
#Output: speptide2.gro
#Param: -d指定空间大小，蛋白到空间界限的距离
#Param to add: -bt cubic: -bt 指定了空间（box)的形状 cubic是正方体
#Param to add: -rotate @ @ @: -rotate命令后面添了三个角度，分别表示绕X Y Z旋转的度数
#第三步：3genbox.sh
genbox -cp speptide2.gro-cs -p speptide1.top-o speptide3.gro
#DO: genbox则读取结构和拓扑文件，然后往盒子当中填充水分子
#Input: speptide2.gro speptide1.top
#Output: speptide3.gro
#Note: 在处理的结尾，终端会显示加进了多少水分子
#第四步: 4makendx.sh
make_ndx -f speptide3.gro -o index.ndx
#DO: 建立一个索引文件,为分子定位和调节分子在建立的空间里的取向。
#DO: 目的是使得分子和与之配合的空间更协调，这样需要的空间就可以小一些，可以降低运算量。
#Input: speptide3.gro speptide1.top
#Output: index.ndx
#第五步: 5grompp.sh
grompp -v -f em.mdp -c speptide3.gro -o em.tpr -p speptide1.top
#DO: 准备能量最优化模拟
#Input: em.mdp speptide3.gro speptide1.top
#Output: em.tpr
#第六步: 6mdrun.sh
mdrun -v -s em.tpr -o em.trr -x e.xtc -e emener.edr -c after_em.gro -g emlog.log
#DO: 能量最优化模拟
#Input: em.tpr
#Output: em.trr after_em.gro e.xtc emener.edr emlog
#第七步: 7grompp.sh
grompp -f pr.mdp -o pr.tpr -c after_em.gro -r after_em.gro -p speptide1.top
#DO: 准备位置限制（position restraints）的条件下进行一次短MD
#Input: pr.mdp speptide1.top
#Output: pr.tpr after_em.gro
#第八步: 8mdrun.sh
mdrun -v -s pr.tpr -o pr.trr -x pr.xtc -e prener.edr -c after_pr.gro -g prlog.log>& pr.job &
#DO: 位置限制（position restraints）的条件下进行一次短MD
#Input: pr.tpr
#Output: pr.trr pr.xtc prener.edr after_pr.gro prener.edr prlog.log
#Note: 使用如下命令来获知这个进程还需要运行多久：tail -f pr.job
#Note: 可以使用ctrl+C组合键来中止tail命令
#Note: 要想知道shortMD是否已经收敛了，一个很好的检查方法是看密度和势能：g_energy -f pr -o out -w
#Note: g_energy程序要求用户指定要检查的能量项，对于势能而言，输入9 0
以下是分析方面的东西。
#继续Full的结果
grompp -v -f full.mdp -o full.tpr -c after_pr.gro -p speptide1.top
mdrun -v -s full.tpr -o full.trr -x full.xtc -e full.edr-c after_full.gro -g fulllog.log >& full.job &
ngmx -s pr -f full.trr
g_rms -s pr -f full.trr -o rmsd
xmgrace rmsd.xvg
g_gyrate -s pr -f full.trr -o gyrate
xmgrace gyrate.xvg
g_rama -s pr -f full.trr -o rama
xmgrace rama.xvg
g_saltbr -s pr -ffull.trr -t 0.5 -sep
xmgrace sb-GLU2:ARG10.xvg sb-GLU2YSH7.xvg -legend load
#For DSSP下面这一系列是装DSSP
#wget ftp://ftp.cmbi.ru.nl/pub/molbio/software/dsspcmbi.zip
#unzip dsspcmbi.zip
#cd dssp
#./DsspCompileGCC
#cd ..
#sudo mv dssp /usr/local/src/
#cd /usr/local/bin
#sudo ln -s ../src/dssp/dsspcmbi .
#export DSSP=/usr/local/bin/dsspcmbi
#For DSSP
do_dssp -s pr -f full.trr
xpm2ps -f ss.xpm -o ss.eps
evince ss.eps
#convert ss.eps ss.png
[local]附件哈[/local]

自己顶自己一下吧～～～

很好！支持一下

谢谢～     

很好呀 起码我做这个例子的时候 DSSP问题都不止弄了一天了

今天看了几篇speptide的，这篇好详细哇~