我按照maritini官网http://md.chem.rug.nl/cgmartini/ ... /ubiquitin-in-water 教程2a，水中蛋白质做练习，到了第六步，装完水之后就不会了。
6. Do a short energy minimization and position restrained simulation. Since the martinize.py script already generated position restraints, all you have to do is specifydefine = -DPOSRESin your .mdp file and add the appropriate number of water (W) beads to your .top file.
拜托大牛们帮我看看什么意思。另外，我已经手动在top文件中加入了添加的水的个数。其余完全不会了，请大家赐教。
尤其是
Do a short energy minimization and position restrained simulation.
和
define = -DPOSRES什么意思？？？？我是菜鸟，请大家赐教。谢谢

你在学namd吗。求交流

我在学gromacs中用martini力场

define = -DPOSRES
是位置约束了，在mdp文件里。
加上这个约束，使得这个被约束的东西位置不变化！
http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... stin/gmx-tutorials/做一下第一个例子吧：）

谢谢谢谢，万分感谢。请问你有QQ吗？方便给我下嘛？日后有问题能再请教你么？我是新手。非常需要您的帮助，。

这个define = -DPOSRES。就是进行一个约束的模拟，一般这样做是为了将生物大分子固定住，让水自由的移动，也是为了更好的将生物大分子“溶”进水中。约束的参数是在posre.itp里面，如果没有你也可以用genrestr自己生成。