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作者:无痕 发表于 2018-11-26 15:54:08
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请教大家,初用VMD中measure hbonds计算氢键,体系为一个羧酸体系,供体和受体分别为OH和羰基O,在index中的编号分别是第6组合第5组。
在TKconsole中,这样写到,大家看是否有错
首先按照手册,selection1是供体,selection2是受体
所以 set sel1 [atomselecttop "index 6"]
atomselect0
set sel2 [atomselect top "index 5"]
atomselect 1
measure hbonds 3.5 30 $sel1 $sel2 回车后出现三个圆括号
{} {}{}
请教大家,这是什么意思呢?而且我输入$sel1 $sel2时字母变红,是出现语法错误了吗?就是选择供体和受体的语句对吗?如下是我的pdb及index文见,希望大家帮忙,谢谢大家,新手初到,望不吝赐教,感激不尽!

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