今天下载了一个磷脂膜的PDB文件。里面含有128DPPC和3655水分子，，输入pdb2gmx -f dppc.pdb -o dppc_processed.gro 后选择了合适的力场，然后出现Fatal error: Residue 'DPP' not found in residue topology database，怎么解决？
注释：写字板打开PDB文件发现，里面对128个DPPC的描述是 DPPC A , DPP B, DPP C顺延到 DPP X , DPP Y, DPP Z,后面的又变成DPP 了

PDB中残基名的列数位置有明确规定，18-20只有三列
http://www.wwpdb.org/documentation/format33/sect9.html#ATOM
一个办法是把PDB转成gro文件，再手动把DPP改成DPPC
另一个办法是把itp中的DPPC改成DPP

谢谢，我改用editconf命令解决了

您好，请问您用editconf怎么得到dppc128.gro的啊，我下的dppc128.pdb中有128个dppc和3655个水分子的啊，用editconf又会加入水了，而后面的topol_dppc.top中只有3655个水啊！谢谢