下面是我的小分子rtp文件
[ PO4 ]
[ atoms ]
P P 1.924 0
O1 OM -1.127 0
O2 OM -1.127 0
O3 OM -1.127 0
O4 OA -0.949 0
H4 H 0.404 0
[ bonds ]
P O1 gb_23
P O2 gb_23
P O3 gb_23
P O4 gb_27
H4 O4 gb_1
[ exclusions ]
;ai aj
O1 H4
O2 H4
O3 H4
[ angles ]
; ai aj akgromos type
O1 P O2 ga_28
O1 P O3 ga_28
O1 P O4 ga_13
O2 P O3 ga_28
O2 P O4 ga_13
O3 P O4 ga_13
P O4 H4 ga_11
[ impropers ]
;ai aj ak al gromos type
P O1 O2 O3 gi_2
[ dihedrals ]
;ai aj ak al gromos type
H4 O4 P O3 gd_11
H4 O4 P O3 gd_9
但是我模拟最后一步mdrun后，提取的pdb文件用pymol一看就出错了》带H的O与其他O的角度小于 90度？？？求大神解决下啊？？
|
|
