RT,我想要提取单个粒子上的virial。
首先，根据virial的计算方法，使用粒子坐标与所受合力计算的话，在周期性边界处是不正确的，已有文献验证了这一点。
然后，我尝试着使用g_energy的另一种用法：http://www.mdbbs.org/thread-2910-1-1.html
中的做法，
过程中遇到问题如下:
tpbconv定义tpr中感兴趣的组“ATOM_3376”
mdrun -rerun 提示tpr中原子数目与trr不匹配
trjconv裁掉其他原子
mdrun -rerun
结果大家都知道的，单原子根据他的轨迹rerun，大部分的结果都是0
也就是说这种方法是抠掉了背景后计算的结果，那么我想不抠掉背景计算目标在体系中受到的作用，各位大大有什么好方法吗？
如果只是在energygrp中定义的话，ener.edr中的输出结果只是多出了定义组的LJ势和电荷势，并没有我想要的virial结果。
恳请各位大大不吝赐教，小弟感激不尽！
|
|
