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作者:回眸在曲末 发表于 2018-11-26 14:54:49
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Fatal error:
Could not find any files ending on '.atp' in the force field directory './gromos53a6_lipid.ff'
在做
GROMACS Tutorial
[color=]KALP15 in DPPC时。使用pdb2gmx -f dppc128.pdb -o dppc128.gro出现以上错误,选的力场为修改过的gromos53a6_lipid.ff,我已经按照教程把gromos53a6_lipid.ff里面的相关文件都改过了,求高手指点~~~

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发表于 2018-11-26 14:55:00 | 显示全部楼层
显然是需要一个.atp 文件,而你又没有。还是好好检查一下吧
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 楼主| 发表于 2018-11-26 14:55:06 | 显示全部楼层
嗯嗯,谢谢啦,做这个例子头都大了~
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发表于 2018-11-26 14:55:20 | 显示全部楼层
您好,请问你现在这个把dppc128.pdb生产dppc128.gro正确了,我不知道在pdb2gmx中怎么调用自己建立的这个gromos53a6_lipid.ff力场,谢谢啦
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 楼主| 发表于 2018-11-26 14:55:28 | 显示全部楼层
把你修改的力场复制到你工作的文件夹下面就好了,系统就会首先读取你所在目录的力场文件哈,其实我比较喜欢把力场复制出来再修改~
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