在固定某些原子时，使用NVT下没问题；
但当固定某些原子时，使用NPT总是系统暴裂；
我使用如下命令进行固定：
freezegrps =  
freezedim =Y Y Y
并也测试了在itp文件中利用束缚，都是爆裂。
请各位高手指教？

具体是什么系统

就是水域中放置两个碳平面，水域并放了几个气体分子，就不能用NPT啊？

当然不能了，碳是固定的，但是随着体积减小，必然不能再保持碳的位置不变

楼主看看vmd到底是什么原子出问题了

系统中如果有冻住了的原子似乎就不能用NPT平衡了~

gromacs 3还是可以的，新版的gromacs4都不可以了。 或者加上energygrp_excl 试试