大家好，刚学gromacs，在找某个教程上的例子练手，遇到个问题想请教一下大家。
构建了一个含有蛋白质、水和sds的系统，然后想要grompp，产生tpr然后在接着往下做时，遇到这样的错误。
Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (1AKI_solv.gro, 33543)does not match topology (topol.top, 33023)，（差值是520）
我检查过几个文件：
含结晶水的蛋白质gro显示有1555个原子（132178*3个结晶水），但topol文件以及蛋白质的itp文件显示只有1321个（top文件里面提示Protein_chain_A 1（应该就是1321这个）和SOL78（这个SOL是结晶水吧）。
我在加了溶剂之后，下面就多显示了SOL10376，就是共10454个水分子。加溶剂之前我有插入 -nmol 20个sds分子，sds的itp是prodrg生成的，并在top文件中include进去且手工修改成sds 20
1AKI_solv.gro的原子数33543是对的，但我比较在意的是sds的itp。sds的gro文件里面有43个原子，但当用prodrg生成itp后，这个itp就显示只有17（43-17）*20刚好是520~
我不知道问题是否出在这里，而且上面蛋白质的itp文件里面都并不包含结晶水（不过水自己有自己的itp被include进top吧？）不知道应该怎样解决这个问题，请大家帮帮忙~
下面是几个文件的链接
http://pan.baidu.com/share/link?shareid=195959&uk=939815927

差在氢原子数量上 prodrg处理出top时候没带氢

那请问我应该怎么处理呢？

在加溶剂前插入sds分子的时候，不要用原来的，用prodrg生成的不含氢原子的pdb（gro）文件

哦，这样~那假如不加氢的话，结果会不会跟加了氢的很不一样？