现在我有一个分子的文件XCp 0.001 0.00 1XCp 0.001 0.00 1
C 12.011 -0.10 1
H 1.00794 0.09 1
C 12.011 -0.10 1
H 1.00794 0.09 1
C 12.011 -0.10 1
H 1.00794 0.09 1
C 12.011 -0.10 1
H 1.00794 0.09 1
C 12.011 -0.10 1
H 1.00794 0.09 1
C 12.011 -0.10 1
H 1.00794 0.09 1
C 12.011 -0.10 1
H 1.00794 0.09 1
C 12.011 -0.10 1
H 1.00794 0.09 1
C 12.011 -0.10 1
H 1.00794 0.09 1
C 12.011 -0.10 1
H 1.00794 0.09 1
Fe 55.85 0.10 1
rigid 2
6 1 3 5 7 9 11
6 2 13 15 17 19 21
constraints 11
1 2 3.32
3 4 1.08
5 6 1.08
7 8 1.08
9 10 1.08
11 12 1.08
13 14 1.08
15 16 1.08
17 18 1.08
19 20 1.08
21 22 1.08 我自己在oplssa.ff中aminoacides.rtp添加一个新的残基,把需要的东西都写上,但是
rigid 2
6 1 3 5 7 9 11
6 2 13 15 17 19 21
constraints 11
1 2 3.32
3 4 1.08
5 6 1.08
7 8 1.08
9 10 1.08
11 12 1.08
13 14 1.08
15 16 1.08
17 18 1.08
19 20 1.08
21 22 1.08
这一部分我不知如何做,在rtp中直接写不对,想向大家请教一下,这一部分我应该如何写,在哪个文件中写,格式是什么,谢谢!
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