码如下：
pdb2gmx –ignh –ff G43a1 –f 1OMB.pdb –o fws.pdb –p fws.top –water spce
editconf -bt cubic –f fws.pdb –o fws.pdb –d 0.9
genbox –cp fws.pdb –cs spc216.gro –o fws_b4em.pdb –p fws.top
grompp –f em.mdp –c fws_b4em.pdb –p fws.top –o fws_em.tpr
#加入补偿离子：
genion –s fws_em.tpr –o fws_ion.pdb –nname CL- –nn 2 –g fws_ion.log
#删除旧的fws_em.tpr文件，重新生成.tpr文件
grompp –f em.mdp –c fws_ion.pdb –p fws.top –o fws_em.tpr
Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (fws_ion.pdb, 12408)
     does not match topology (fws.top, 12412)
-------------------------------------------------------
使用的是gromacs-4.0 ，先谢过了！

genion –s fws_em.tpr –o fws_ion.pdb –nname CL- –nn 2 –g fws_ion.log
需要加-p fws.top

果然是没有指定拓扑文件，太感谢了！