RT。
看水中的溶菌酶的时候有这两步，需要npt.mdp nvt.mdp,再做md的时候还要个md.mdp
但官网上的教程里做完能量最小化后就直接一个pr.mdp试跑了。。。
限制性和非限制性动力学到底在操作上有什么差别呢？
谢谢各位大神了！！！！

最好是平衡一下把，比如，你把蛋白质放在水里，任意位置的水被替换为反离子中和，这个时候不限制一下蛋白质骨架平衡一下，蛋白质都可能变形的啊。还有不限制平衡一下，反离子的分布也是不合理的哦。
嘿嘿，我的理解而已。

好的   谢谢