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作者:半粒糖甜到傷 发表于 2018-11-23 10:56:11
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请问北京这边哪位老师做分子模拟比较厉害?模拟聚合物在水溶液中的构象。想去请教一下。我想模拟聚合物分子在不同的盐溶液中的骨架形态,如卷曲或伸展的,尝试了各种表示方法(如:回转半径,末端距离,顺反异构体,二面角分布,timetrace),一直得不到预期的结果。希望得到指点!
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发表于 2018-11-23 10:56:26 | 显示全部楼层
很可能是力场的原因
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发表于 2018-11-23 10:56:42 | 显示全部楼层
是不是你跑的结果没有得到预期的结构呢?
如果是蛋白质的话,发生构象变化那是需要相当长的的时间的。纳秒级可能都还不够,如果要跑至少可能都需要几百纳秒
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发表于 2018-11-23 10:57:22 | 显示全部楼层

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 楼主| 发表于 2018-11-23 10:57:40 | 显示全部楼层
感谢关注!我的分子体系是个寡聚物,只模拟了10个单体,一共不过几百个原子,短时间内(5-10 ns)就能达到平衡。我的qq 664942873,进一步交流,谢谢!
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