刚开始弄清楚，ClayFF 力场在GROMACS的模拟siilica melt，一点经验和大家分享ClayFF 力场在Gromacs里的应用-amorphousSiO2的生成

无论是 SBA-15或者MCM-41都是在silica melt 之上建立的。直接从MS的晶体结构建模是理想状态，更接近现实的建模一般是混合SI和O 1：2比列，在高温2500K下MD或者MC然后anealing到300K。这里常用的是ClayFF 力场。 这里只介绍生成silicamelt 的过程，后面的建立mesopore，补氢都不介绍了。

ClayFF 力场

（不考虑）
（不考虑）

和gromacs里的LJ比较，主要区别就在这里的系数。
(Gromacs)
(ClayFF)
在这里，eij =Do,ij*4.1858 (单位kJ/mol)
s=Ro/(10*2^(1/6))(单位nm)




Gromacs top file


[ defaults ]
;nbfunc
comb-rule
gen-pairs
fudgeLJ
fudgeQQ
1
2
no
1
1

[atomtypes ]
; name
mass (a.m.u.)
charge (e)ptype sigma(nm)
epsilon(kJ/mol)
Si
28.080
0
A
0.330202701
7.7039649e-6
O
15.9994
0
A
0.316554133
0.65047332

[ atoms ]
;
nr
type
resnr
residue
atom
cgnr
charge
mass
1
Si
1
SiO2
Si
1
2.100
28.080
1
O
1
SiO2
O
1
-1.050
15.999

刚开始弄清楚，ClayFF 力场在GROMACS的模拟siilica melt，一点经验和大家分享ClayFF 力场在Gromacs里的应用-amorphousSiO2的生成

无论是 SBA-15或者MCM-41都是在silica melt 之上建立的。直接从MS的晶体结构建模是理想状态，更接近现实的建模一般是混合SI和O 1：2比列，在高温2500K下MD或者MC然后anealing到300K。这里常用的是ClayFF 力场。 这里只介绍生成silicamelt 的过程，后面的建立mesopore，补氢都不介绍了。

ClayFF 力场

（不考虑）
（不考虑）

和gromacs里的LJ比较，主要区别就在这里的系数。
(Gromacs)
(ClayFF)
在这里，eij =Do,ij*4.1858 (单位kJ/mol)
s=Ro/(10*2^(1/6))(单位nm)




Gromacs top file


[ defaults ]
;nbfunc
comb-rule
gen-pairs
fudgeLJ
fudgeQQ
1
2
no
1
1

[atomtypes ]
; name
mass (a.m.u.)
charge (e)ptype sigma(nm)
epsilon(kJ/mol)
Si
28.080
0
A
0.330202701
7.7039649e-6
O
15.9994
0
A
0.316554133
0.65047332

[ atoms ]
;
nr
type
resnr
residue
atom
cgnr
charge
mass
1
Si
1
SiO2
Si
1
2.100
28.080
1
O
1
SiO2
O
1
-1.050
15.999