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作者:性感的猪 发表于 2018-11-19 17:36:50
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用了tip4p模型做水的有关问题,可是运行之后发现水分子的间距越来越小,到后来相邻的分子都连在一起,就像成键了,之后就出错:
ERROR: Out of range atoms - cannot compute PPPM,请大家帮助看看是什么原因,谢谢。(附件中是运行后生成的结构)
in文件:
unitsreal
dimension3
boundaryp p p
atom_stylefull
read_datadata.ice
pair_stylelj/cut/coul/long/tip4p1 2 1 1 0.125 9.010.0
pair_coeff11lj/cut0.16275 3.16435
pair_coeff21*2lj/cut0.000 0.000
bond_styleharmonic
#bond_coeff 14.60.9572
bond_coeff 1 4500.9572
angle_style harmonic
#angle_coeff 10.5104.52
angle_coeff 155104.52
kspace_style pppm/tip4p0.00001
#fix 1 allshake 0.00001 50010 b 1a 1
fix 1 allshake 0.0001 100100 b 1a 1
timestep0.5
thermo100
fix2allnvt1000.01000.0 0.01
dump1allatom 100 dump.ice
run10000

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发表于 2018-11-19 17:36:59 | 只看该作者
atoms overlap,plz use soft or fix nve/limit to push them away
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发表于 2018-11-19 17:37:11 | 只看该作者
可能是初始结构不合理造成的 可以先设置很小的时间步长运行一段时间再加大步长
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发表于 2018-11-19 17:37:21 | 只看该作者
pair_stylelj/cut/coul/long/tip4p1 2 1 1 0.125 9.010.0
pair_coeff11lj/cut0.16275 3.16435
pair_coeff21*2lj/cut0.000 0.000
把lj/cut去掉
pair_coeff这样的写法是:hybrid 或hybrid/overlay 的用法
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 楼主| 发表于 2018-11-19 17:37:29 | 只看该作者
谢谢            
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